故事解題 終極解析
故事的收尾
就在最後的使徒渚熏被打倒時，也宣告著SEELE和碇元度變成完全的敵對關系．雙方開始爭奪生命之樹，而SEELE也決心不惜壹切代價消滅碇元度所掌握的駕駛員．不過在美裏的努力下，SEELE想要阻止真治搭乘初號機的計劃沒有實現．當真治所在的EVA初號機再生命之樹的十字架上被隆基努斯之槍處刑時，初號機上的真治也作為神之子到達了生命之樹，獲得生命之果和智慧之果之後的真治，成為了神壹般的存在，擁有可以決定人類未來的力量．但是，綾波麗（聖靈）由於碇真治（聖子）的恐怖與孤獨的呼喊而成為了母神（LILITH），拒絕了同父親元度（聖父）的融合，以全部生命回到母體的方式，讓元度的計劃破產．
人類補完計劃的進行過程（略記）
首先是解讀死海文書
其次是第二次沖擊（亞當之卵，白之月的破壞）
第三是亞當計劃以及E計劃
最後是消滅使徒
雙方的決裂
隨著第三次沖擊的出現，SEELE的目的也已經達到－－人類犯錯吃下智慧之果後存在的隔離他人的心之壁（ATfield）消失，因智慧之果創造出的文明徹底毀滅，人類全體融合回歸生命的起源狀態，這樣人類終於從原罪中解放出來．
最終由於真治的選擇，SEELE和元度的計劃都沒能達成，
（SEELE達成壹部分目的，因為人類的補完實現了．）
真治和明日香活了下來，明日香成為新的人類之母夏娃，她身上欠缺的母性也得到補完．
而這，就是新世紀福音戰士，完美的結局．．．．．．