簡單的說上遊引物就是和要擴增基因片斷上遊序列結合的引物,下遊引物指與目的基因片斷下遊序列結合者.
上遊引物：DNA分子兩端不壹樣，因為核苷酸分子不是對稱的，5'位有個磷酸，3'位是-OH就是：磷酸端和羥基端。DNA復制總是從5’端到3’端，因為DNA聚合酶只能往3’端加核苷酸。
下遊引物：是沿著正鏈進行延長的。體外擴增DNA，雙螺旋是部分或完全打開的，不存在岡崎片段，也不會壹段段延長，理論上正反引物都是不間斷延長的，和體內DNA自我復制是有區別的。
判斷是上遊引物還是下遊引物的方法：是誰先復制誰是上遊，往後的就是下遊，上遊下遊是個相對概念，是某壹個序列／堿基相對於另壹個序列／堿基而言的。
擴展資料
引物（Primer）在聚合作用的起始時，可以刺激合成另壹種大分子，並與反應物以***價鍵形式連接的序列。在核酸化學中，引物是壹段短的單鏈RNA或DNA片段，可結合在核酸鏈上與之互補的區域，其功能是作為核苷酸聚合作用的起始點，核酸聚合酶可由其3′端開始合成新的核酸鏈。體外人工設計的引物被廣泛用於聚合酶鏈反應、測序和探針合成等。
上遊引物：Forwardprimer，F-引物，又稱為正向引物；下遊引物：Reverseprimer，R-引物，又稱為反向引物。
參考資料:百度百科-反向引物
參考資料:百度百科-上遊引物