1、性質：三峽大學是壹所公辦高校，而三峽科技學院是壹所民辦高校，由三峽大學和宜昌教育實業開發總公司合作創辦的壹所獨立院校。
2、辦學體制：三峽大學的辦學體制相對完善，而三峽科技學院作為三峽大學的“獨立學院”，擁有獨立法人資格。
3、地理位置：三峽大學和三峽科技學院都位於湖北省宜昌市，但兩者在地理位置上相鄰。
4、綜合實力：三峽大學的實力要強於三峽科技學院。三峽大學是以1978年成立的葛洲壩水電工程學院為主，合並了三峽學院之後成立的大學，屬於綜合性大學。而三峽科技學院的綜合實力相對較弱，辦學質量不高。
5、學費：三峽科技學院本科專業每年的學費在13000元至21000元之間，專科專業每年的學費為9000元。而三峽大學的學費則沒有公開信息。