據史料記載，六朝時南京植梅已盛，明朝時候靈谷寺東南壹裏有壹處賞梅勝地，叫梅花塢，是明代宮廷專設的梅園，其間植梅不下千株，所結的梅子專供太廟祭禮皇帝的祖宗之用。梅園裏的每株梅樹上都懸掛著書有“禦用”二字的木牌，由於明代刑律嚴酷，故而雖然遊客眾多，但絕沒有人敢私自攀枝。
三十年代初，當時的總理陵園管理委員會將梅花山壹帶辟為中山陵園植物園的薔薇花木區，開始植梅，到抗戰前夕，這裏已經形成壹片梅林，每逢梅花盛開之際，遊人常常絡繹不絕。1944年這裏正式稱為梅花山。
近年來，梅花山的植梅規模不斷擴大，新的品種不斷出現，如今的梅花山有梅園面積400余畝，形成了3大梅花體系、5大種類、18個花型、230多個品種，總數約15000株。其中精品薈萃，如紅妝淡抹的“宮粉型梅”，狀如遊龍的“龍遊梅”，萼似翡翠的“綠萼梅”、花如堆雪的“玉蝶型梅”、胭脂點珠的“朱砂型梅”、以及珍奇品種“別腳晚水”、“南京紅”等。另外，“單瓣跳枝”、“水紅小朱砂”等60余個品種已進行了國際登錄。常言到“花是將開未開好”，在梅花含苞欲放之時去梅花山“探花”別有壹番情致。而當梅花盛開時節，繁花似錦的梅花山更讓遊客沈醉在如詩如畫的美景之中。
梅花山對南京而言，已不是壹座普通的小山，而是壹處重要的“文化空間”它是南京梅花節重要的文化空間。公元252年，吳大帝孫權71歲時病故，下葬於鐘山南麓的高崗上，陵寢史稱“蔣陵”，葬處得名“孫陵崗”，即今天的梅花山。
孫權此舉開啟了以後歷代在南京定都的著名帝王或政治家喜愛以鐘山作為陵址的先河，即他還是鐘山陵寢文化的開創者。葬於鐘山的“帝王”級人物不下於10位，但能葬於主位即鐘山主峰或東、中、西峰下的只有孫權、朱元璋、孫中山先生。