上海交大醫學院附屬第九人民醫院的前身“伯特利醫院”創建於1920年，1952年更名為上海市第九人民醫院，1964年正式成為上海第二醫科大學附屬醫院。至今已走過八十多年的輝煌歷程。
八十多年來，特別是新中國成立後的五十多年，在中國***產黨的領導下，經過九院幾代人的奮發努力，已建成壹所以口腔和整復外科為特色的內、外、婦、兒臨床各科齊全，集醫、教、研為壹體的綜合性醫院。1993年被評為三級甲等醫院，1991～1998已連續八年被上海市人民政府授予文明單位稱號。九院又是上海第二醫科大學口腔醫學院和臨床醫學院的教學基地。還設有上海市口腔醫學研究所、上海市整復外科研究所、上海生物材料研究測試中心和上海市組織工程研究中心。
全院核定病床757張，口腔椅位150臺，28個臨床科室，1 2個醫技部門。全院醫務員工2000余人，擁有壹批醫術精湛、醫德高尚的著名專家、教授。有中國工程院院士三名，正副教授、主任醫師400余名。醫院重視學科梯隊建設，壹大批年富力強的中青年骨幹正在健康成長。近十年來醫院發展迅速，創建了現代化的門急診樓、整復外科大樓、口腔門診樓、外科綜合大樓、在建的20層的口腔整形大樓屬國內規模壹流、口腔保健中心、激光美容中心等。醫院引進了國際壹流的牙科設備、激光設備、大型手術顯微鏡、磁***振、DSD、CT、震波碎石機、彩超、B超、鈷60等先進的設施和設備。
在黨的衛生工作方針指引下，經過“九院人”不懈努力，在醫療、教學、科研等方面成績卓著。口腔頜面外科、整復外科、骨科、口腔內科是上海市醫學領先專業、重點學科，在國際、國內享有較高聲譽。口腔修復、口腔材料是上海二醫大的重點學科。血管外科、眼科院級重點學科也在競爭中崛起。
口腔、臨床醫學院有27個教研室。近十年培養本科五年、七年制醫學生近700名。設有博士點7個，碩士點18個及博士後流動站，有博導20余名，碩導近60名，已培養博士生、碩士生300余名。每年還接受國內外百余名醫務人員來院學習、進修。
堅持“科教興院”的方針，近十年承擔科研項目292項，其中獲國家、部、市以上的成果獎104項，獲得上海市臨床醫學成果獎5項，獲科研經費約5，000萬元，已發表論文3，235篇。還承擔了國家重大課題“973”項目，曹誼林教授任首席科學家。在國內外贏得了較高的聲譽，為我國衛生事業的建設和發展作出了重要的貢獻。
“文明、嚴謹、團結、奮進”是九院的院訓：“壹切以病人為中心”充分發揮特色優勢，努力提高綜合實力是九院辦院宗旨：“壹流管理、壹流質量、壹流服務、壹流設施”是九院創建目標。九院人高舉鄧小平理論偉大旗幟，在新千年、新世紀，迎接新挑戰，再創新業績。