在私募股權投資中，由於高昂的委托代理成本和企業價值評估的不確定性，私募股權投資基金具有較高的風險。其風險問題主要包括以下幾類:
(1)價值評估的風險
在私募股權投資基金的運作過程中，對被投資項目的價值評估決定了投資者在被投資企業的最終股權比例，過高的評估價值會導致投資回報率的下降。然而，由於私募股權投資的流動性差，未來現金流入流出不規則，投資成本高，未來市場、技術、管理的不確定性大，投資估值風險已成為私募股權投資基金的直接風險之壹。
(2)知識產權風險
這對科技型企業具有特殊的意義。私募股權投資，尤其是風險投資，看重的是被投資企業的核心技術。如果其對核心技術的所有權存在瑕疵(如創業者在原雇主處對該技術的發明)，將明顯影響風險投資的進入，甚至承擔違約或締約過失責任。對於這種風險，企業必須通過專業評估來確認核心技術的歸屬。
(3)委托代理引起的風險
在私募股權投資基金中，委托代理關系主要有兩個層面:第壹個層面是投資基金管理人與投資人之間的委托代理關系，第二個層面是私募股權投資基金與企業之間的委托代理關系。
壹級委托代理問題主要是私募股權投資基金相關法律法規不完善，信息披露要求不高造成的。這不能排除壹些不良私募投資基金或基金管理人的侵權、違約或違背良好管理人義務的行為，如暗箱操作、過度交易、逆向操作等，會嚴重侵害投資者利益。
二級委托代理問題主要是“道德風險”問題。由於投融資雙方的信息不對稱，作為代理人的被投資者的利益與投資者的利益不壹致，從而導致委托代理中的“道德風險”問題，並可能損害投資者的利益。在專業人士的幫助下制定規範的投融資合同，明確雙方的權利和義務，比如對投資工具的選擇、投資階段的安排、投資企業董事會席位的分配等做出明確的約定，可以在壹定程度上防範這種風險。
(4)退出過程中的風險
我國主板市場上市標準嚴格，對上市公司總股本、發起人認購股本金額、企業經營業績、無形資產比例等有嚴格要求；中小企業難以登陸主板市場，新成立的創業板市場“僧多粥少”，難以滿足企業上市需求；產權交易市場的性質和功能不明確，缺乏統壹、透明、科學的交易模式和統壹的監管，無疑增加了特定私募股權投資基金投資者的退出風險。