(1)辦公室(行政審批辦公室)。
負責文電、會議、機要、檔案、人事、黨群、離退休管理等機關的日常運行；承辦信息、安全、保密、信訪和新聞發布工作；負責財務和資產管理；組織編制部門預算，監督管理預算執行和各項費用使用；組織實施政府采購；負責海洋資源行政審批文件(證件)的受理、初審、送達、監管和發放。
(2)法規與規劃科技司。
起草有關海洋資源的地方性法規、規章和規範性文件草案；組織有關法律法規的宣傳教育；承辦行政執法監督、行政復議和行政訴訟；擬訂全區海洋綜合開發和整治的政策措施，組織制定海洋事業發展、海洋經濟發展、海洋主體功能區、海洋信息化等規劃和戰略並監督實施。在我們地區；承擔海洋經濟運行的監測、統計、核算、評價和信息發布工作；組織海洋科學技術的研究和應用；組織實施海洋調查和評估；組織實施海水利用和海洋可再生能源的研發和應用；承擔科技平臺和數字海洋建設；承擔海洋科技成果和知識產權管理工作；組織實施本行業科技項目的對外合作與交流。
(3)海事與海島管理處。
實施海域使用和海島管理的政策和技術規範，制定並實施全區海洋功能區劃和海島保護規劃；承擔海域使用項目審核和海域使用權登記；承擔無居民海島的開發、建設、保護和管理工作；承擔海域使用金具體征收和減免的相關工作；承擔海域使用和海島使用的論證和評估工作；承擔海島名稱和標誌設置的相關工作。
(4)海洋環境保護與海洋預報減災司。
組織海洋環境監測、監視和評價，編制全區海洋環境專題資料；監督陸源汙染物向海洋的排放；承擔海洋工程建設項目造成海洋環境汙染損害的防治工作，根據國家授權開展海洋油氣勘探開發和海洋傾倒造成海洋環境汙染損害的防治工作；監督海洋生物多樣性和海洋生態環境保護；組織全區海洋環境監測監視網絡；承擔海洋觀測、預報和評估的管理工作；組織編制和實施海洋災害應急預案；編寫壹份關於海洋災害和海平面的公報。