代謝組學.基因組學研究的主要是基因組DNA，使用方法目前以二代測序為主，將基因組拆成小片段後再用生物信息學算法進行叠代組裝，當然這僅僅是第壹步，隨後還有繁瑣的基因註釋等數據分析工作。
轉錄組學研究的是某個時間點的mRNA總和,可以用芯片,也可以用測序.芯片是用已知的基因探針,測序則有可能發現新的mRNA。
蛋白組學針對的是全體蛋白，組要以2D-Gel和質譜為主,分為top-down和bottom-up分析方法.理念和基因組類似,將蛋白用特定的物料化學手段分解成小肽段，在通過質量反推蛋白序列,最後進行搜索，標識已知未知的蛋白序列。
代謝組分析的代謝產物,是大分子和小分子的混合物，主要也是用液相和質譜。
基因組研究包括的內容是：
以全基因組測序為目標的結構基因組學（structural genomics）和以基因功能鑒定為目標的功能基因組學（functional genomics)，又被稱為後基因組（postgenome）研究，成為系統生物學的重要方法，基因組學能為壹些疾病提供新的診斷，治療方法。
基因組學還被用於食品與農業部門，基因組學與遺傳學發展裏程碑。