區別在於成立時間、公司影響力以及經營範圍。
壹、 成立時間不同
中國鐵路工程總公司成立於1950年3月；中國鐵道建築總公司前身是中國人民解放軍鐵道兵，組建於1948年7月。
二、公司影響力不同
中國鐵路工程總公司2018年《財富》世界500強排行榜第56名，2018年12月，世界品牌實驗室編制的《2018世界品牌500強》揭曉，中國中鐵排名第292。
中國鐵道建築總公司2018年《財富》世界500強排行榜第58名。2018年12月，世界品牌實驗室發布《2018世界品牌500強》榜單，中鐵建築排名第360。
三、經營範圍不同
中國鐵路工程總公司經營範圍為鐵路、公路、市政工程等；中國鐵道建築總公司經營範圍為建築行業。
參考資料：
百度百科-中國鐵道建築總公司