cDNA基因文庫具有多種優越性:(1)對它的篩選比較簡單易行。這是因為壹個完全的cDNA基因文庫比壹個完全的基因組文庫所包含的克隆種類要少得多,兩者相差10~100倍。同時cDNA基因文庫來源於mRNA,而mRNA具有特異性表達的時期和部位,恰當地選擇mRNA的來源就有可能使所構建的cDNA基因文庫中,某壹特定序列的克隆達到很高的比例。(2)cDNA基因文庫可以用於克隆在細菌中表達的基因。因為cDNA克隆已經刪去了內含子,而至少目前認為,原核生物並不具備從原始轉錄產物上刪除內含子的酶分子。(3)cDNA基因文庫可用於測定基因DNA序列的結構。由於cDNA克隆來自成熟的mRNA,所以測定cDNA克隆的序列就能夠分析基因外顯子的堿基排列順序。再通過同已知的基因組中基因DNA序列的比較,還可以確定內含子與外顯子的界限。