答:開具增值稅專用發票紅字發票的申請流程分為填寫紅字信息表、接收並核對信息表、賣方開具紅字發票三個步驟。納稅人可以通過金稅號牌或稅控號牌兩種開票系統進行申請。
第壹步:填寫並上傳增值稅專用發票紅色信息表分兩種方式:買方申請和賣方申請。
1.買方申請(1)買方取得的專用票已抵扣:買方在新版增值稅發票管理系統中填寫並上傳紅字信息表，填寫紅字信息表時不填寫對應的藍字專用發票信息。買方當期申報時，紅字信息表所列增值稅金額從當期進項稅額轉出，取得賣方開具的紅字專用發票後，與紅字信息表壹起作為記賬憑證。註:買方已扣除進項發票，選擇已扣除；如果買方在非申報期通過認證但未申報抵扣進項發票，仍選擇抵扣，需要在申報期待定時申報抵扣進項稅額。
(2)買方已取得未申報抵扣的專用發票:如果買方已取得未申報抵扣的專用發票，且發票或抵扣無法退回，買方可在開票系統中填寫並上傳紅色信息表，填寫紅色信息表時應填寫相應的藍字專用發票信息。註:買方未聲明選擇抵扣進項發票未抵扣。
2.如果賣方申請開具賣方專用發票且未交付給買方，買方未申報抵扣並退回發票及抵扣，賣方可在開票系統中填寫並上傳紅色信息表，賣方在填寫紅色信息表時應填寫相應的藍色專用發票信息。
第二步:接收通過驗證的信息表。主管稅務機關通過網絡接收納稅人上傳的紅字信息表。系統自動通過驗證後，用紅字發票信息表代碼生成紅字信息表，並將信息同步到納稅人的系統。納稅人也可憑電子發票信息或紙質資料到稅務機關系統核對紅字信息表的內容。特別提醒:錯誤信息表未上傳時，可直接在計費系統作廢；上傳成功後，納稅人不能修改或取消。信息表的註銷應持《開具增值稅專用紅字發票信息表》和《紅字發票作廢申請表》(加蓋公章)的全部復印件到辦稅服務廳辦理。
第三步:開具紅字專用發票賣方應根據稅務機關審核的紅字信息表開具紅字專用發票。新系統開具紅字專用發票為負輸出，與紅字信息表壹壹對應。
特別提醒:未上傳成功的信息表可重復上傳，上傳成功後已審核通過的信息表可再次下載，無需開具負面發票。