與以往的電影改編遊戲不同，《X戰警3：官方遊戲》雖然獲得指定授權，不過在故事劇情上還是與即將上映的電影版大相徑庭。遊戲的故事時間被設定在在第二部《X戰警》電影和第三部之間：在Alkali Lake事件的幾周後，金剛狼試圖從Stryker之前的裝置中取得技術而與海杜拉爆發壹系列的戰鬥。隨著情節的發展，為了阻止敵人摧毀核能工廠，Nightcrawler和Iceman也會在遊戲中出手相助，與邪惡的HYDRA組織作戰。遊戲總***包括了28個關卡，采用了街機風格的關卡設置。
雖然玩家在關卡中並不能隨意存檔，但是簡單的boss或者任務並不會對妳順利過關造成任何困難。整個遊戲過程中都是按照電腦的指示壹步步地往事先設定的目標前進，玩家在每關任務前根據劇情發展選擇其中的壹名X戰警出戰。由於會出現劇情分支，所謂“魚和熊掌不可兼得”，壹個流程下來妳不可能將所有關卡全部通過，如果想把所有關卡都體驗壹遍的話，那就需要從分支點重新選擇才能開始。因此玩家在選擇關卡和人物時需要註意分支問題。這個冒險的過程中，除了以上幾位主控人物之外，還有其他的《X戰警》人物也在遊戲中亮相，其中最有名的是X教授，他會成為妳的私人顧問，告訴妳下壹步該怎麽做。