1954年3月，中國熱帶農業科學院前身是成立於廣州的”華南熱帶林業科學研究所“，先後更名為”華南熱帶作物科學研究所“和”華南亞熱帶作物科學研究所“；
1958年，從廣州遷至海南儋州；並創辦“華南熱帶作物學院”；
1965年，研究所更名為”中華人民***和國農墾部熱帶作物科學研究院’，以後又更名為“華南熱帶作物科學研究院”；
1994年，經農業部和國家科委批準，更名為“中國熱帶農業科學院”，與“中國農業科學院”、“中國水產科學研究院”壹起組成農業部直屬”三院“。
其中，創辦於1958年的“華南熱帶作物學院”和1965年更名的“華南熱帶作物科學研究院”壹起緊密結合，實行壹套班子兩塊牌子的體制，並稱為“熱作兩院”。
1996年，”華南熱帶作物學院’更名為“華南熱帶農業大學‘；
2007年8月14日，經國家教育部批準，”華南熱帶農業大學“並入海南大學，組建新的海南大學，新海南大學的歷史以原華南熱帶農業大學的創建時間為起點（1958年）。