1、過度開發
玉龍雪山上有3條索道，活動範圍從海拔2400m的麗江古城擴大到了保護區核心的海拔4506m雪山冰川，每年接待的旅遊客流量超出了玉龍雪山的接待能力。同時玉龍雪山旅遊服務，活動範圍深入到了海拔3800~
4000m的雪線附近。高山植被和野生花卉被遊客踐踏、破壞；野生動物的數量急劇減少，滇金絲猴、野驢、黑熊等珍稀動物已難覓蹤跡。
2、冰川減少
2001和2009年，玉龍雪山地區由1957年的19冰川縮減為13條，總面積由11.6平方千米分別減小為5.30平方千米和4.42平方千米，1957~2009年冰川年面積變化率為-1.19%，遠大於中國其他典型冰川區冰川面積年變化率。
3、處女峰爭議
玉龍雪山的主峰——扇子陡，是否被人征服過，登山界的普遍說法是未被征服，尚為處女峰。《環球人文地理》雜誌、中安在線網、中國教育在線網等也進行了相關報道。但是令人吃驚的是，2012年出現有網友爆料，美國人“埃裏克-帕爾曼“早在1987年便登頂玉龍雪山主峰——扇子陡。