根據上述職責，崇州市人力資源和社會保障局內設14個機構：
（壹）崇州市人力資源和社會保障局辦公室
組織協調局機關日常政務；負責重要、綜合文件的擬草、審核工作；負責工作目標、文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔安全、保密、政務公開、後勤、計生、印章管理等工作；負責組織督促檢查全市人力資源和社會保障的各項專項工作；負責辦理人大代表建議和政協委員提案。
（二）崇州市人力資源和社會保障局政工科（掛黨委辦公室和紀檢監察室牌子）
負責局機關及直屬單位的黨建、紀檢監察和精神文明建設；貫徹落實黨風廉政建設和反腐敗工作責任制，負責本系統幹部職工的黨風廉政、政風行風、經濟發展軟環境和行政效能建設；負責信息采集報送工作，編發工作動態等內部業務刊物；負責局機關和直屬單位的人事管理、隊伍建設、機構編制等工作；負責機關和直屬單位退休人員管理工作；負責機關及直屬單位群團組織工作。
（三）崇州市人力資源和社會保障局規劃財務審計科
擬訂全市人力資源和社會保障事業發展規劃和年度計劃；負責局機關財務和固定資產管理工作；負責局機關及直屬事業單位的內部審計工作。
（四）崇州市人力資源和社會保障局政策法規科（掛信訪辦公室牌子）
承擔本系統規範性文件的合法性審核和備案工作；負責依法行政工作；承擔行政執法監督、行政復議、行政應訴和行政調解工作；負責人力資源和社會保障法律、法規、規章的宣傳、培訓和咨詢工作；承擔對外宣傳、新聞發布工作；負責組織實施人力資源和社會保障輿情監控、引導、處理工作；貫徹執行國家、省、成都市有關信訪工作的法律、法規、規章和制度；負責人力資源和社會保障系統信訪、維穩、綜治、防邪工作；負責矛盾糾紛大調解的組織協調工作；擬訂涉及人力資源和社會保障公***突發事件的應急預案，協調處理相關群體性突發事件。
（五）崇州市人力資源和社會保障局行政審批科
負責工傷認定（受成都市局委托），職業技能為主的職業資格培訓民辦學校審批，職業介紹機構資格認定，集體合同審定，社會保險登記（委托社保局辦理），工傷保險費率審定，基本醫療保險定點醫療機構零售藥店資格審定，企業基本醫療保險審核，特殊工種退休審核（受成都市局委托）；承擔市政府公布的其他行政審批事項。
（六）崇州市人力資源和社會保障局軍隊轉業幹部安置管理辦公室
貫徹落實軍隊轉業幹部安置、解困政策；負責全市軍隊轉業幹部的接收、安置工作；會同有關部門做好轉業幹部隨調家屬的安置工作；牽頭負責全市企業軍隊轉業幹部的解困工作，協助做好維穩工作；負責全市自主擇業軍隊轉業幹部管理和服務工作；負責本市“雙擁”具體工作；承擔市軍隊轉業幹部安置工作領導小組辦公室日常工作。
（七）崇州市人力資源和社會保障局公務員管理科
負責行政機關公務員、參照公務員法管理單位工作人員的登記審批、錄用、培訓、職務任免、考核、獎勵、懲戒、交流與回避、辭職辭退等工作；依法承辦提請市人大常委會和市政府決定的人事任免事項；擬訂人員調配政策，承辦人員調配工作；落實公務員培訓登記、考核、結果使用制度；綜合管理政府獎勵表彰工作，會同有關部門研究制訂政府獎勵政策並指導實施；負責有關懲戒與申訴控告工作；負責全市公務員、參照公務員法管理單位工作人員信息統計與綜合分析工作；監督有關公務員管理的法律、法規、規章實施情況。
（八）崇州市人力資源和社會保障局事業單位人員管理科
組織實施事業單位人事制度改革；貫徹執行事業單位工作人員崗位設置、招聘、考核、任免、獎懲、辭職辭聘等政策；擬訂全市政府系統事業單位工作人員培訓規劃、計劃；負責全市政府系統事業單位工作人員流動管理；負責事業單位人員的統計與綜合分析工作；負責機關工勤人員、臨時用工的管理工作。
（九）崇州市人力資源和社會保障局人才開發科（掛專業技術人員管理科牌子）
負責全市專業技術人才、企業經營管理人才、農村實用人才隊伍建設和專家管理、專業技術職稱管理工作；擬訂人才資源開發政策，牽頭組織城鄉人才資源規劃、開發和統計工作；負責全市高技能人才、農村實用人才培養和激勵工作；負責全市專業技術人員、企事業單位管理人員繼續教育工作；指導企業人才引進工作；負責全市人才信息的綜合管理；負責各項人才開發專項資金的監督管理；承擔市職稱改革領導小組辦公室日常工作。
（十）崇州市人力資源和社會保障局工資福利科（掛退休人員管理科牌子）
貫徹執行國家、省、成都市收入分配、福利、工齡計算、津補貼、休假（休養）、退職和離退休及受處分人員工資待遇政策；綜合管理全市機關、事業單位工作人員的工資、福利和退休、退職工作；編制全市機關、事業單位人員工資計劃；負責全市機關、事業單位工資基金管理工作；貫徹執行機關、事業單位工勤人員崗位等級規範的具體辦法；執行機關、事業單位技術工人等級考核結果運用；負責全市機關、事業單位工資和離退休人員離退休費的統計與綜合分析工作；參與體制改革中涉及機關、事業單位職工工資福利待遇等問題的政策研究。
（十壹）崇州市人力資源和社會保障局社會保險基金監督科
貫徹執行全市機關、企事業單位、城鄉居民、被征地人員基本養老保險政策；貫徹落實企業退休人員社會化管理服務規劃和政策；貫徹執行企業死亡職工遺屬待遇和非因工傷殘職工待遇政策和給付標準；貫徹落實全市城鄉養老保險工作；貫徹執行農民工醫療、生育保障並入城鎮職工基本醫療保險、生育保險辦法並組織實施；擬定全市社會保障基金財務管理制度；編制全市社會保險基金預決算；貫徹執行全市城鄉養老保險基金管理辦法；貫徹執行全市城鄉醫療保險、工傷保險、生育保險政策和規劃、標準以及基金管理辦法；貫徹執行全市定點醫療機構、定點零售藥店的醫療保險和生育保險服務管理結算辦法及支付範圍並監督實施；貫徹執行全市社會保險及補充保險基金監督管理制度並組織實施；貫徹執行社會保險經辦機構及內部審計社會保險基金監督管理辦法並監督實施；配合各級審計部門開展對各項社會保險基金的常規審計和專項審計；負責社會保險基金的監督管理及相關統計工作，受理社會保險基金投訴舉報，查處社會保險基金管理的違規違紀案件；負責內部審計檢查證的申報及日常管理工作。
（十二）崇州市人力資源和社會保障局調解仲裁管理科
貫徹執行勞動人事爭議處理辦法和勞動人事爭議仲裁的地方性法規、規章；承擔市勞動人事爭議仲裁委員會辦公室日常工作；指導鄉鎮（街道）、村（社區）勞動爭議協調機構開展工作；綜合管理勞動人事爭議案件的調解仲裁工作，依法組織處理重大勞動人事爭議，指導開展勞動人事爭議預防工作；依法組織協調處理跨地區的重大勞動人事爭議；負責勞動人事爭議調解仲裁員的有關培訓和管理工作；負責勞動人事爭議處理情況的統計分析和上報工作。
（十三）崇州市人力資源和社會保障局就業促進科
擬訂全市統籌城鄉就業規劃、年度計劃並組織實施；擬訂全市人力資源市場發展規劃、管理辦法並組織實施；負責全市人力資源服務機構監督管理；按照職責分工做好高校畢業生就業指導工作；組織實施全市就業援助和特殊群體就業工作；建立全市失業預警制度，擬訂全市預防、調節和控制較大規模失業、經濟結構調整中涉及職工安置權益保障的政策措施並組織實施；指導和規範全市職業培訓機構、技工學校、公***就業服務體系建設，負責公***就業服務信息管理；完善全市職業技能資格制度，執行職業分類、職業技能標準和行業標準並組織實施；綜合管理全市職業技能鑒定和職業技能培訓工作；負責全市人力資源和社會保障標準體系建設；承擔市促進就業工作領導小組辦公室、市創建國家級創業型城市工作領導小組辦公室的日常工作。
（十四）崇州市人力資源和社會保障局勞動關系科
組織實施勞動合同制度和集體合同制度，完善勞動關系協調機制；督促用人單位依法與勞動者、單位職工簽訂勞動合同和人事聘用合同；推行企業工資集體協商規則，落實企業職工工資收入分配的宏觀調控政策；發布勞動力市場工資指導價位、企業人工成本信息及發展預測報告；落實全市企業工資指導線，執行全市企業職工最低工資保障制度和工資正常增長、支付保障機制；負責全市工商行政主管部門登記註冊企業的經濟性裁員備案工作；負責和諧勞動關系鄉鎮（園區）創建工作。