JAS-39為了獲得最佳的翼身融合效果，采用了中置機翼布局，這樣也使外掛物獲得了良好的地面間隙。而壹般來講，外掛物的地面間隙壹直是小型飛機的壹個不好解決的問題。由於采用中置機翼，JAS-39飛機的主起落架安裝在機身上，另外，為了與主翼獲得最佳的氣動力耦合前翼要具有壹定的安裝角。JAS-39“鷹獅”采用切角三角翼，鋸齒形前緣，後掠角45°。增升裝置由兩組前緣襟翼組成，通過全權限三余度電傳飛行控制系統與飛機的升降舵相連。大迎角時，前緣襟翼下偏，可以延遲機翼失速。後緣襟翼向下偏轉時，可以使飛機擡頭，從而提高飛機的機敏性。這壹點與傳統的縱向穩定飛機不同，對於縱向穩定的飛機來講，後緣襟翼下偏會使飛機產生低頭力矩。全動鴨翼也是切角三角形，前緣後掠角43°。
JAS-39“鷹獅”的布局形式的優點之壹是，通過同時偏轉鴨翼和升降舵可以產生直接升力。差動地偏轉鴨翼可以產生側向力，結合方向舵的偏轉，可以產生直接側力，而不用改變飛機的航向。在使用航炮進行空對空攻擊的時候，或對地面目標投放非制導武器的時候，這種“非耦合”的飛行模式是非常有用的。 在JAS-39飛機的設計過程中，通過廣泛的采用新技術和先進的計算機模擬技術，實現了飛機的減重，其中復合材料的使用量占到機體結構的25%~30%。碳纖維復合材料主要用於蒙皮和翼梁、尾翼、升降舵、起落架艙門和壹些檢測口蓋。蒙皮不是膠接在支持結構上，而是采用沈頭螺釘安裝的，為消除整體油箱的漏油現象，在接觸處采用了密封材料。據估計，JAS-39飛機***有緊固件大約100,000個，在機體結構中，按成本來計算，機加件占到15%左右。
按照現代飛機的制造工藝，JAS-39飛機的機體結構分為幾個部件進行制造，其中機翼分為7個部件，機身分為3段，3段機身在總裝階段被永久的連接在壹起，這樣可以消除傳統的過渡連接所產生的重量增加。中段機身又分為3個部件：機炮艙、起落架段和機身安裝段。機翼的彎曲力矩通過3個小間距的隔框傳向機身，只在前緣翼根處有壹個輔助安裝節，考慮到三角翼的翼根弦長較長，這種設計是令人驚奇的。其原因是，主機身隔框受主起落架艙和發動機檢測門的限制。F404發動機是從機身下部裝拆的，這是為了在擁擠的航母上方便地更換發動機。這種情況迫使薩博公司設計了壹個強度很高的翼根加強筋，將機翼的彎曲力矩集中傳遞到機身上。 JAS-39通過對座艙顯示和操縱系統的仔細設計，大大減輕了飛行員的工作負荷，明顯地提高了飛機的作戰效益。座艙的核心部件是愛立信公司的EP-17顯示系統，采用了3個120mm×150mm的多功能下視顯示器（HDD），1個凱瑟公司（Kaiser）的寬角全息平視顯示器（HUD）。3個單色的下視顯示器（HDD）是完全相同的，可以進行互換。在飛行過程中，顯示器的功能可以進行調整，以適應不同的飛行階段或作戰任務的需要。左側的HDD壹般顯示飛行數據，包括HUD上的數據和其它的自衛設備與傳感器上的數據；中間的HDD顯示計算機生成的周圍區域的地圖，疊加有戰術信息；右側的HDD顯示來自雷達、前視紅外和武器傳感器的目標信息。
HDD雖然以現有的電視技術為基礎，但其性能得到了較大的提高，可以在光線較差的條件下提供高質量、高清晰度的畫面。根據瑞典空軍的要求，在以後的飛機上還可能采用彩色顯示器。在HDD中采用衍射光柵，可以獲得高亮度的圖像。HUD的視界為28°×22°，即可提供計算機生成的武器瞄準符號，也可提供光電系統（如前視紅外設備）生成的視頻圖像。座艙顯示的所有信息可以記錄在標準的磁帶上，以供飛行員查詢。
為了進壹步減少飛行員的工作負擔，“鷹獅”飛機采用了手控油門駕駛桿，雷達和武器的所有操縱按鈕都放置在油門-駕駛桿上。Saab公司對中置和側置駕駛桿都進行了研究，最後選擇了中置小型駕駛桿。這種駕駛桿，在需要的時候，可以用右手或左手操縱。在“鷹獅”飛機的航電系統內，總***有40多臺愛立信公司的D80計算機，這些計算機通過三余度的MIL-STD-1553B數據總線連接在壹起：壹條總線用於飛機的基本數據和飛行數據，壹條總線用於座艙顯示和雷達，壹條總線用於戰術和武器信息。後續批次的飛機和出口型飛機都具有5條數據總線。采用5條數據總線，可以使每壹條數據總線的“負荷”維持在較低的水平。 JAS-39是作為空中優勢戰鬥機進行設計的，但在首次進入服役時卻是作為攻擊機使用的。執行對地攻擊任務的時候，“鷹獅”飛機可以攜帶多種武器，主要是Hughes公司的AGM-65A/B‘‘幼畜”（Rb75）空-地導彈和DWS-39防區外子母小炸彈散布器。“幼畜”導彈是經過實戰檢驗的電視制導導彈，射程約3km，攜帶57kg的戰鬥部，用於攻擊坦克和其它裝甲目標。DWS39是不帶動力的，其射程取決於發射條件，投放之前，將目標的數據傳輸給武器，由慣導系統對武器進行制導和控制。子彈藥可以是24枚反跑道炸彈、96枚集束彈、120枚反坦克地雷、504枚SB44小炸彈或1,848枚M42GP小炸彈。非制導武器包括80kg的M50炸彈、600kg的M60炸彈和ARAK70火箭彈。
執行反艦任務時，“鷹獅”飛機的主要武器是Saab公司的Rbs-15F反艦導彈。該導彈攜帶200kg半穿甲爆破戰鬥部，射程90km，中段采用慣性制導，束段采用主動雷達制導。為了自衛，“鷹獅”飛機裝有電子對抗設備，包括雷達告警接收機和電子對抗系統，電子對抗系統由安裝在翼下掛架內的箔條/曳光彈散布器、拖曳式雷達假目標和幹擾機組成。在執行偵察任務時，所有的傳感器和照相設備都采用外掛安裝。
瑞典曾希望發展Rb71超視距導彈的後繼型，但是經過若幹年的工作以後，最終決定采用Hughes公司的AIM-120中程空對空導彈AMRAAM（先進中距空空導彈）。重要的壹點是瑞典空軍被允許進行導彈的飛行試驗。由於瑞典空軍只訂購了100枚AIM-120導彈，所以“鷹獅”飛機還可能采用“流星”空空導彈。“鷹獅”飛機的出口型,也可能采用Meteor導彈，因為Meteor導彈與AIM-120導彈具有互換性，只需進行少量的軟件更改。這兩種導彈都具有區分不同目標的能力，使用數據鏈和慣性制導，以便在發射後盡可能長時間地保持隱身。數據鏈用於更新關於目標的信息，這些信息可以通過本機或其它飛機（如其它的“鷹獅”飛機或S100B預警機）提供。短距攻擊時，“鷹獅”飛機可以攜帶AIM-9L和AIM-9J“響尾蛇”導彈。在機腹左下方的整流罩內裝有27mm的Bk27“毛瑟”機炮。 JAS-39飛機的航電設備是由愛立信（Ericsson）公司設計和制造的，然後由薩伯（Saab）公司進行了綜合。與Saab-37“雷”的航電設備相比，有了巨大的改進。采用了愛立信/費倫第公司（Ericsson/GMAv）的PS-05雷達，數據處理能力為“雷”飛機的PS-46/A雷達的3倍，但體積只有後者的60%，重量只有後者的50%。PS-05A是壹種多工作模態脈沖多普勒雷達，采用縫式波導平面陣列天線，液冷行波管發射機。通過使用復雜多變的波形和高中低的脈沖重復頻率，實現了各種任務所需的多種工作模式。為提高分辨率和實現遠距離目標的探測，使用了頻率調制脈沖壓縮。
雷達的工作模式是由軟件控制的，主要包括下列內容： 空對空：遠程搜索與跟蹤；多目標邊搜索邊跟蹤；短程寬角搜索與跟蹤；航炮與導彈的自動控制。 空對面：搜索與跟蹤；地面與海面目標的邊掃描邊跟蹤；高分辨率繪圖；空對面測距。 采用全部可編程的信號與數據處理器，具有良好的電子抗幹擾能力和適應未來發展的靈活性。 PS-05A靈活的波形避免了雷達測距的不準確性，也使每壹工作模式下的性能得到了優化。平面天線陣掃描時產生的旁瓣很少，降低了對幹擾的敏感性，也提高了雷達的效率。雷達也能適應制導中距空對空導彈（如AMRAAM先進中距空空導彈和“流星”導彈）的數據傳輸要求，由於采用了模塊化設計並具有機內自檢測功能，雷達具有良好的適用性和較低的維護費用。它采用新型的主動相控陣技術，其中使用了1,000多個發射/接收單元。為了擴大雷達的方位角，天線安裝在壹個活動的底盤上，可以明顯地增加雷達的掃描範圍，這種設計方法在相控陣雷達中是比較獨特的。采用AESA技術改進雷達的目標探測和跟蹤性能。
瑞典空軍壹直使用的是戰術儀表著陸系統（TILS），這種系統不但已經過時，而且使用費用昂貴，不適用於分散的戰時機場。為此需要研制壹種系統，完全依靠機載傳感器和機載設備，能夠引導飛機至任何機場並保證在全時間、全天候條件下安全著陸。新系統采用了兩種為“鷹獅”飛機研究的新技術，即新型綜合導航系統（NINS）和新型綜合著陸系統（NILS）。另外，如果飛行員需要，NINS也可以使用傳統導航設備的信息，如測距裝置（DME）、甚高頻全向信標（VOR）和塔康系統（TACAN）。