然而好景不長。伽利略計劃有很多國家參與，人心渙散，效率不高。更重要的是，歐洲當時對中國仍有戒心，擔心與中國壹起發展伽利略系統會對歐洲國家安全產生影響。因此，中國被踢出了擁有知識產權等接口的伽利略衛星導航系統核心成員的位置。
歐洲把伽利略和中國的合作變成了中國的貢獻。歐洲研發成功後，中國買了，但拿不到伽利略的核心技術。面對這種荒謬的合作要求，中國不是印度人，自然不會答應。因此，中國不再寄希望於伽利略系統，開始全力發展北鬥導航系統。
北鬥的R&D機構主要圍繞包括西安電子科技大學、中國航天光機所在內的各類光電導航學院展開。在強大的國家意誌和中國軍工夜以繼日的努力下，北鬥導航系統在千方百計使其發揮作用、擰成壹股繩的強大力量下，迅速取得重大突破。