第壹屆理事會
名譽會長：張延喜 農業部原副部長（1994年9月－1998年5月）
肖鵬 農業部原副部長（1998年5月－2002年1月）
理事長：卓友瞻農業部原總經濟師、漁業局局長（1994年9月－2002年1月）
副理事長：劉身利農業部漁業局原副局長、現中國水產（集團）總公司董事長、總經理（1994年9月－1998年5月）
馮瑞峰 農業部漁業局原副局長（1994年9月－2001年9月）
賀壽侖 農業部漁船檢驗局原副局長（1994年9月－1998年5月）
包盛清 農業部漁船檢驗局原局長（1998年5月－1999年12月）
楊寶瑞 遼寧省海洋與漁業廳副廳長（1998年5月－2002年1月）
劉清真 山東省海洋與漁業廳原副廳長（1998年5月－2002年1月）
黃木現 浙江省水產局原副局長（1998年5月－2002年1月）
林毅 原農業部漁業局漁港監督處處長（1998年5月－2001年11月）
孫鶴齡 原農業部總經濟師、財務司司長（1999年12月－2002年1月）
名譽理事長：劉國鈞、余匡軍、郁明、趙忠順
第二屆理事會
理事長：徐傑林 原農業部漁船檢驗局副局長
副理事長：孫穎士（常務） 原遼寧漁港監督局局長
孫鶴齡 原農業部總經濟師、財務司司長（2002年1月－2003年7月）
楊寶瑞 原遼寧省海洋與漁業廳副廳長
劉清真 原山東省海洋與漁業廳副廳長（2002年1月－2003年2月）
劉向東 原浙江省海洋與漁業局副局長
王守信 原山東省海洋與漁業廳副廳長
第三屆理事會
理事長：王朝華 理事長、法人代表（農業部漁船檢驗局副局長）
孫穎士 常務副理事長（遼寧省漁港監督局原局長）
楊寶瑞 副理事長（遼寧省海洋與漁業廳副廳長）
劉向東 副理事長（浙江省海洋與漁業局副局長）
王守信 副理事長（山東省海洋與漁業廳副廳長）
陳劍峰 副理事長（農業部漁政指揮中心調查處處長）
監事會：劉美華 主席（農業部漁業局助理巡視員）
秘書處：孫穎士 秘書長（兼）範沛然、楊斌、姜峰、李冬霄副秘書長
第四屆理事會
理事會：王朝華 理事長、法人代表
陳劍峰 常務副理事長
劉向東 副理事長（浙江省海洋與漁業局巡視員）
盧江寧 副理事長（遼寧省海洋與漁業廳副廳長）
魯小兵 副理事長（山東省海洋與漁業廳副廳長）
監事會：牛玉山 主 席（農業部黃渤海區漁政局巡視員）
秘書處：陳劍峰 秘書長（兼） 楊斌、姜峰 副秘書長