根據國務院規定，管理國家中醫藥管理局。
1998年，衛生部設10個職能司（局、廳）：辦公廳、人事司、規劃財務司、衛生法制與監督司、基層衛生與婦幼保健司、醫政司、疾病控制司（全國愛國衛生運動委員會辦公室）、科技教育司、國際合作司、保健局，設機關黨委，負責部機關及在京直屬單位的黨群工作。
2003年，經中央機構編制委員會辦公室批準，衛生部內設司局進行調整，設辦公廳、人事司、規劃財務司、衛生政策法規司、衛生應急辦公室（突發公***衛生事件應急指揮中心）、農村衛生管理司、衛生執法監督司、基層衛生與婦幼保健司、醫政司、疾病控制司(全國愛國衛生運動委員會辦公室)、科技教育司、國際合作司、保健局等13個職能司（局、廳、辦）和機關黨委。
2006年，經中央機構編制委員會辦公室、人事部批準，衛生部有關內設機構進行了調整，疾病控制司（全國愛國衛生運動委員會辦公室）更名為疾病預防控制局（全國愛國衛生運動委員會辦公室），衛生執法監督司更名為衛生監督局，基層衛生與婦幼保健司更名為婦幼保健與社區衛生司。
2013年，為更好地堅持計劃生育的基本國策，加強醫療衛生工作，深化醫藥衛生體制改革，優化配置醫療衛生和計劃生育服務資源，提高出生人口素質和人民健康水平，方案提出，將衛生部的職責、人口計生委的計劃生育管理和服務職責整合，組建國家衛生和計劃生育委員會。主要職責是，統籌規劃醫療衛生和計劃生育服務資源配置，組織制定國家基本藥物制度，擬訂計劃生育政策，監督管理公***衛生和醫療服務，負責計劃生育管理和服務工作等。同時，將人口計生委的研究擬訂人口發展戰略、規劃及人口政策職責劃入發展改革委。國家中醫藥管理局由國家衛生和計劃生育委員會管理。同時，不再保留衛生部、人口計生委。