壹天 放學後，真琴在化學實驗室意外地獲得了能夠穿越時空的能力，真琴對所發生的壹切感到很迷茫，她並不知道自己獲得了如此神奇的能力。回家後，她將所發生的事情告訴了姑媽芳山和子（原沙知繪配音，註：芳山和子是23年前真人版中的主角，20年前也擁有過這樣的能力。）芳山和子教給迷惑中的真琴如何使用這種神奇的力量，並讓真琴知道了擁有這種能力並不是什麽壞事，沒什麽好緊張的。“真是這樣，也不錯，可以讓不開心的事情成為過去，想怎樣就能怎樣，這多開心啊。”
真琴暗自捉摸。從此以後，真琴的生活果真發生了非常大的改變，學習成績也突飛猛進地提高著，這讓所有的人都感到不可思議。 真琴伴著開心的日子走入了高三生活，真琴和功介，千昭都面臨著對未來的選擇，他們的生活發生了微妙的變化。這個年齡的他們進入了壹個玫瑰般的季節，校園中開始漂蕩起愛情的美妙音符。壹天，原本的哥們千昭竟突然向真琴表達了好感，措手不及的真琴壹時不知如何處理這件事情，面紅耳赤的她感到非常狼狽。為了擺脫這樣的煩惱，她用特異功能改變了這壹切，迫使自己忘掉所發生的事情。盡管她改變了歷史，可是真的能忘掉這壹切嗎？此後，千昭和友梨（垣內彩未配音）；功介和果穗（谷村美月配音）開始了交往。真琴開始有點失落,開始想著該如何維護這段3個人的友誼,在結尾,真琴應該是喜歡千昭的,可是畢竟兩個人處於不同的世界,所以在最後,千昭只能說了“我在未來等妳”這句感人的話,是給他自己也是真琴的壹個期待,彼此的信念. “我在未來等妳”
在原作小說發表以來已有40年，經過電視劇、電影等形式的改編，這個關於時代的故事迄今為止已經被6度映像化，這就是以女高中生為主角的筒井康隆的名作《穿越時空的少女》。第壹次被動畫化，現在公映中的《穿越時空的少女》，日前宣布將入圍自10月6日在西班牙舉辦的第39屆錫切斯國際電影節動畫（ANIMA'T）部門，以正式展出作品的名義參加評選。