（壹）排放水汙染物超過國家或者地方規定的水汙染物排放標準的（本辦法以下簡稱“超標”）；
（二）排放國務院或者省、自治區、直轄市人民政府確定實施總量削減和控制的重點水汙染物，超過總量控制指標的（本辦法以下簡稱“超總量”）。第三條 不適用情形排放水汙染物超標或者超總量，但有下列情形之壹，法律法規相關條款另有特別規定的，適用特別規定，不適用限期治理：
（壹）建設項目的水汙染防治設施未建成、未經驗收或者驗收不合格，主體工程即投入生產或者使用的，根據《水汙染防治法》第七十壹條處罰。
（二）建設項目投入試生產，其配套建設的水汙染防治設施未與主體工程同時投入試運行的，根據《建設項目環境保護管理條例》第二十六條處罰。
（三）不正常使用水汙染物處理設施，或者未經環境保護行政主管部門批準拆除、閑置水汙染物處理設施的，根據《水汙染防治法》第七十三條處罰。
（四）違法采用國家強制淘汰的造成嚴重水汙染的設備或者工藝，情節嚴重的，根據《水汙染防治法》第七十七條處罰。第四條 級別管轄國家重點監控企業的限期治理，由省、自治區、直轄市環境保護行政主管部門決定，報環境保護部備案。
省級重點監控企業的限期治理，由所在地設區的市級環境保護行政主管部門決定，報省、自治區、直轄市環境保護行政主管部門備案。
其他排汙單位的限期治理，由汙染源所在地設區的市級或者縣級環境保護行政主管部門決定。第五條 特殊管轄下級環境保護行政主管部門實施限期治理有困難的，可以報請上壹級環境保護行政主管部門決定限期治理。
下級環境保護行政主管部門對依法應予限期治理的排汙單位不作出限期治理決定的，上級環境保護行政主管部門應當責成下級環境保護行政主管部門依法決定限期治理，或者直接決定限期治理。
排汙單位排放水汙染物超標或者超總量造成的社會影響特別重大，或者有其他特別嚴重情形的，環境保護部可以直接決定限期治理。
上下級環境保護行政主管部門，對同壹汙染源的同壹違法行為，不得重復下達限期治理決定。第六條 期限環境保護行政主管部門應當根據完成限期治理任務的實際需要，合理確定限期治理期限。
限期治理期限最長不得超過1年。但完全由於不可抗力的原因，導致被限期治理的排汙單位不能按期完成治理任務的除外。
環境保護行政主管部門不得通過重復下達限期治理決定等方式，變相延長限期治理期限。第七條 信息公開環境保護行政主管部門應當通過報刊、門戶網站等便於公眾知曉的方式，將下列信息向社會公開：
（壹）被責令限期治理的排汙單位名稱、《限期治理決定書》、排汙單位的限期治理方案等相關文件；
（二）完成限期治理任務後，被依法解除限期治理的排汙單位名稱；
（三）因逾期未完成限期治理任務，被依法責令關閉的排汙單位名稱。
環境保護行政主管部門不得公開涉及國家秘密、商業秘密、個人隱私的政府信息。第二章 決定程序第八條 立案調查環境保護行政主管部門現場檢查時，可以憑環境保護行政主管部門工作人員現場即時采樣或者監測的結果，判定汙染源排放水汙染物是否超標或者超總量。
對經現場檢查判定排放水汙染物超標或者超總量的汙染源，環境保護行政主管部門應當及時分析原因。經分析判斷超標或者超總量可能是由水汙染物處理設施與處理需求不匹配原因造成的，環境保護行政主管部門應當按照本辦法有關限期治理管轄權限的規定立案調查，並確定負責立案調查的機構。第九條 判斷步驟對已被立案調查的排汙單位，負責立案調查的機構應當通過以下步驟，對排放水汙染物超標或者超總量是否因水汙染物處理設施與處理需求不匹配所致作出判斷，並報環境保護行政主管部門：
（壹）現場監測：組織環境監測機構按照汙染源監測規範規定的采樣頻次，對汙染源在生產周期內所排水汙染物進行監測；
（二）技術評估：組織行業生產專家、汙染物處理技術專家和企業代表，采用工藝流程分析、物料衡算等方法，對排汙單位水汙染物處理設施與處理需求是否匹配進行分析評估。