中國雖然擁有眾多的世界遺產，但在保護和開發中產生了許多矛盾，同時對世界遺產的保護不力也造成了遺產的不可彌補的損失。下面列舉的是比較重大的事件：
1998年9月，聯合國教科文組織官員在湖南張家界武陵源進行世界遺產監測時對於當地城市化對自然環境的破壞提出了尖銳批評。2001年4月，前總理朱镕基視察張家界時對當地自然境觀的問題表示關註，並指示要加快武陵源風景區的建築物清拆及還耕還林的部分以加強綠化力度。2002年5月1日，張家界百龍旅遊電梯試運營。該電梯被國內外媒體認為是破壞了自然風景。2002年11月23日下午，四川紫坪鋪水利樞紐工程成功實現截流。該工程的姊妹工程——楊柳湖工程，距離都江堰僅1300米。2003年8月，楊柳湖工程被緊急叫停。2003年1月19日晚，湖北武當山古建築群的重要組成部分之壹的遇真宮主殿發生大火。該火災的責任在於武當山文物管理部門。有關部門違反國家規定，擅自將遇真宮使用權轉讓給壹家私立武術學校，而埋下了安全隱患。2003年年中，針對雲南怒江水電開發的壹項裝機容量超過2000萬千瓦的13級電站規劃正式提出。2004年年初該規劃被擱置。2004年2月10日晚，大足石刻石門山壹尊石刻和壹尊泥塑頭像被砍掉盜走。2005年10月17日北京時間下午2點30分，山西平遙古城的南城門壹段城墻發生坍塌。山東泰山在近20年來，由於開發不善而導致建築過多，植被被破壞等現象。截至2005年4月，泰山景區內已拆除違章建築164處、違法別墅21棟，清除商業經營性廣告400余塊，修建標準公廁53處、汙水處理池29處，維修古盤道4200米，並建立起泰山景區森林防火視頻檢測系統，基本完成古建築主體大修工程和岱頂綠化工程。2006年，澳門特區政府取消對東望洋山東麓建築的高度限制，被指破壞東望洋燈塔的歷史性。2006年11月14日，中華人民***和國文化部公布《世界文化遺產保護管理辦法》，規定“因保護和管理不善，致使真實性和完整性受到損害的世界文化遺產，由國家文物局列入《中國世界文化遺產警示名單》予以公布。”在第三十壹屆世界遺產大會上，三江並流並築壩問題被世界遺產委員會警告，北京故宮、天壇、頤和園、麗江古城以及布達拉宮被要求整改。