存在功能上的區別，低聚半乳糖是人體腸道中雙歧桿菌、嗜酸乳酸桿菌等有益菌極好的營養源和有效的增殖因子，可以改善人體腸道的消化吸收功能。新生兒的消化功能比較薄弱，所以嬰幼兒奶粉中都添加了低聚半乳糖的營養成分，而低聚乳糖的作用沒有那麽強烈，僅僅是促進腸道的運轉。
低聚果糖對腸道益菌的增殖作用。低聚果糖對腸道中有益菌群如雙岐桿菌、乳酸桿菌等有選擇性增殖作用，使有益菌群在腸道中占有優勢，抑制有害菌的生長，減少有毒物質(如內毒素、氨類等)的形成，
對腸粘膜細胞和肝具有保護作用，從而防止病變腸癌的發生，增強機體免疫力。