1、歷史底蘊與創辦時間：中科大成立於1958年，是中國較早的壹批重點建設的高等院校之壹，擁有豐富的歷史底蘊和深厚的學術積累。國科大則起源於中國科學院的研究生院，雖然其前身的歷史可以追溯到更早，但作為壹所獨立的高等教育機構，它的創辦時間相對較晚。因此，在歷史底蘊方面，中科大可能更具優勢。
2、學校名銜與綜合排名：中科大是C9高校、國家首批“985工程”和“211工程”建設高校，同時還是雙壹流大學，這些名銜反映了其在國家高等教育體系中的重要地位。國科大雖然也是雙壹流大學，但在“985工程”和“211工程”方面並未獲得相應認定。不過，根據某些排名機構的數據，國科大的整體排名可能高於中科大。因此，在名銜和綜合排名方面，兩所學校各有優勢。
3、學科實力與科研能力：中科大在理工科方面表現突出，尤其在物理學、化學、天文學等領域擁有強大的研究實力和卓越的科研成果。國科大則在生命科學、物理學、計算機科學等領域具有顯著優勢，其科研實力同樣不容小覷。此外，國科大的科研氛圍更為濃厚，適合對科研有濃厚興趣的學生。
4、師資力量與教育資源：中科大擁有大批優秀的學者和科研人員，其師資力量雄厚，為學生提供了豐富的學習資源和科研機會。國科大同樣擁有眾多知名科學家和學者，其師資力量也不容小覷。此外，由於國科大與中國科學院的緊密關系，學生可以接觸到更多的前沿科技和研究成果。
5、本科生與研究生教育：中科大在本科生教育方面具有較強的實力，其在校生主要以本科生為主，擁有完善的本科教學體系和豐富的課外活動。國科大則是以研究生教育為主的大學，其研究生教育實力較強。不過，近年來國科大也開始加強本科生教育，其本科生教育采取精英化教育，註重培養學生的創新能力和實踐能力。
6、校園文化與社會影響力：中科大和國科大各自擁有獨特的校園文化和學術氛圍。中科大以其嚴謹的學風和務實的科研態度著稱，而國科大則更註重培養學生的創新精神和獨立思考能力。在社會影響力方面，兩所學校都為中國的科技發展和社會進步做出了重要貢獻。