他召見康有為商量變法步驟，任命他為總理衙門章京，許他專司奏事。康有為又舉薦主張變法的同誌數人，如內閣候補侍郎楊銳，刑部候補主事劉光弟，內閣候補中書林旭，江蘇候補知府譚嗣同，光緒皇帝便各賞四品卿銜，讓他們擔任軍機章京，協助主持變法事務。從6月21日到9月11日，改良派通過光緒皇帝接連頒發了許多除舊布新的變法法令。主要內容有：廢除八股，改革科舉制度；設立學堂，學習西學；獎勵新著作、新發明；獎勵創辦報刊，提倡上書議事；保護和獎勵農工商業，修築鐵路，開采礦產；用新法訓練海陸軍，改革官僚機構，裁減不必要的官員等。公元1898年是戊戌年，因此稱這次變法為“戊戌變法”。