2003年4月薩達姆政權垮臺後,賈法裏返回巴格達,並積極參與伊拉克政治重建。同年7月,伊拉克臨管會成立,賈法裏成為臨管會9人主席團成員之壹。2003年8月,賈法裏擔任臨管會首任主席。
臨管會成立初期,阿拉伯國家曾壹度對臨管會持謹慎態度,並多次拒絕承認伊臨管會。為獲取阿拉伯國家支持,賈法裏上任後率領臨管會代表團相繼對阿聯酋、巴林、科威特、阿曼、沙特和埃及等國進行了穿梭訪問,並得到了積極回應。
賈法裏的政治主張壹向溫和務實。戰後的伊拉克流血沖突不斷、派別利益糾葛嚴重。但他壹直堅持認為,動用武力解決伊國內問題不是最好的方式,應考慮和平解決的可能。他還反對種族間的惡性報復事件。這些溫和主張為他贏得了深厚的民意基礎和黨派支持。2004年6月初,伊拉克臨時政府成立,賈法裏成為伊臨時政府副總統。
2005年1月30日舉行的伊拉克選舉中,由賈法裏任總書記的達瓦黨作為什葉派“伊拉克團結聯盟”的主要政黨之壹參與過渡議會席位的角逐。“伊拉克團結聯盟”在議會275個席位中獲得140席。2月22日,“伊拉克團結聯盟”正式提名賈法裏為該聯盟的過渡政府總理候選人。4月7日,賈法裏被伊總統委員會提名為過渡政府總理並負責組閣。28日,伊過渡國民議會通過了他提交的過渡政府成員名單。5月3日,由賈法裏領導的伊過渡政府在巴格達宣誓就職。