根據上述職責，市人力資源和社會保障局內設市公務員局（副處級）和9個科級職能機構：
（壹）辦公室
起草和審核有關綜合性文件和重要報告；負責會議組織、信息綜合、新聞發布、文電運轉、文書檔案管理和機要保密工作；負責財務、信訪、計劃生育、安全保衛和資產管理等工作；負責機關及所屬單位的編制、人事、老幹部服務和黨群工作；指導全市人力資源和社會保障系統隊伍建設和教育培訓工作；承擔機關有關規範性文件的合法性審核工作；指導、承辦行政復議和行政應訴工作；承擔本系統普法工作。
（二）就業促進科
擬定全市城鄉就業規劃和年度計劃，以及城鄉勞動者職業培訓政策、規劃，指導城鄉勞動力轉移就業和跨地區有序流動工作；指導和規範公***就業服務信息管理；審核專項就業資金的使用計劃；負責就業援助和特殊群體就業的管理；負責臺港澳人員在內地就業許可審批；負責國（境）外人員（不含專家）在三亞就業的管理，完善職業技能資格制度；負責職業介紹機構資格認定工作；負責設立人才中介服務機構及其業務範圍審批；負責對民辦職業培訓機構認定與管理；指導和監督對職業中介機構的管理；組織實施職業分類、職業技能國家標準和行業標準。
（三）人力資源管理科（三亞市軍隊轉業幹部安置工作領導小組辦公室、自主擇業軍轉幹部管理服務中心）
擬定人力資源市場發展規劃並組織實施；指導事業單位人事制度改革和人事管理工作；承辦我市特殊需要人員的調配工作；擬定事業單位人員和機關工勤人員管理辦法，並指導組織實施；負責事業單位招聘國（境）內外人員（不含專家）工作；負責人事檔案管理工作；負責全市科級以下人員因公出國（出境）政審工作；擬定軍隊轉業幹部安置、培訓和安置計劃並組織實施；檢查督促接收單位落實軍隊轉業幹部政治、生活待遇等方面的政策規定；協調有關部門做好軍隊轉業幹部隨帶家屬的工作安排、子女的轉學入學問題；負責對部分企業軍隊轉業幹部的解困和穩定管理工作；負責全市自主擇業軍轉幹部的管理和服務工作；承擔市軍隊轉業幹部安置工作領導小組的具體工作。
（四）專業技術人員管理科
組織實施專業技術人員管理和繼續教育政策；承擔高層次專業技術人才規劃和培養工作，承擔組織有突出貢獻中青年專家、享受政府特殊津貼專家、省優秀專家的推薦工作；組織市優秀專家選拔工作；負責中級以下專業技術資格證書的發放管理；負責高技能人才、農村實用人才培養和激勵工作；按照管理權限，承辦事業單位專業技術崗位設置的審批；負責吸引國（境）內外專家、留學回國人員來三亞工作或定居以及國（境）內外機構在三亞招聘專業技術骨幹人才的管理工作。
（五）工資福利與離退休管理科
負責主管全市機關、事業單位工作人員工資收入分配、福利和離退休工作；指導和監督國有企業工資總額管理和企業負責人工資收入分配；對全市企業職工工資的分配實行宏觀調控和指導監督；按照國家和省的有關政策規定，與有關部門具體審核機關和事業單位職工離退休工作；負責除在省社會保險局參保的單位以外的特殊工種人員提前退休審批和因病或因工致殘、完全喪失勞動能力的企業職工提前退休初審；承擔市級國家機關所屬事業單位工資總額管理工作。
（六）社會保險科（三亞市勞動能力鑒定委員會辦公室）
綜合擬定全市機關企事業單位和城鄉居民養老、失業、醫療、工傷和生育等社會保險辦法、改革方案、發展規劃、管理制度並組織實施；承擔市社會保險基金監督委員會辦公室日常工作；擬定社會保險基金征繳、支付、管理、運營的辦法並組織實施；負責有關統計與信息管理工作；負責對社會保險基金使用、管理和運營的監督檢查；受理投訴、舉報，並查處基金管理中違規、違紀案件；擬定補充養老保險、補充醫療保險規則和辦法；擬定養老保險社會化管理服務事業發展規劃並組織實施；負責監督和管理社保經辦機構；負責工傷和職業病傷殘等級鑒定及勞動能力鑒定工作；承擔勞動能力鑒定委員會辦公室日常工作。
（七）勞動保障監察科（農民工工作辦公室）
負責組織實施國家勞動保障監察法律法規；負責全市勞動保障法律法規貫徹執行情況的監督檢查；組織實施勞動保障監察，依法查處和督辦違法違紀案件；指導並督促檢查勞動保障監察支隊依法開展工作；協調並處理好用工部門和勞動者為了維權的糾紛矛盾，組織處理相關突發事件；負責用人單位的勞動用工備案和年審工作；推動農民工相關政策的落實，協調處理涉及農民工的重大事件，指導、協調農民工工作信息建設。
（八）勞動關系科（三亞市勞動（人事）爭議仲裁委員會辦公室）
貫徹落實勞動關系政策，並督查勞動合同和集體合同制度實施規範；監督企業單位執行職工工作時間、休息休假制度的實施；檢查監督非法使用童工的情況，指導各用工單位使用女工、未成年工的特殊勞動保護；負責組織實施勞動、人事爭議調解仲裁制度的實施規範；指導和監督全市勞動、人事爭議調解、仲裁工作；開展勞動、人事爭議預防工作；依法組織處理全市範圍內重大勞動、人事爭議；承擔市勞動（人事）爭議仲裁委員會的具體工作。
（九）行政審批辦公室
負責人力資源和社會保障局相關行政許可和行政審批工作；牽頭協調相關行政許可和審批事項的審批工作；擬定完善相關行政審批事項的工作流程。
市公務員局
貫徹落實有關公務員行為規範、培訓、教育政策、規劃和標準，依法對公務員實施監督；承擔國家榮譽、政府獎勵工作；負責聘任制公務員管理，協助做好行政機關公務員、參照公務員法管理單位人員的考試錄用工作；完善新錄用人員試用期管理辦法，承辦市政府報請市人大任免人員的任免手續，承辦市政府任免工作人員的具體事宜。承擔依法對公務員法律法規實施情況監督工作；初步審核報請市政府批準的處分；組織對公務員及參照公務員法管理單位人員的培訓等工作。