1、革蘭氏陽性菌：亞急性感染性心內膜炎最常見的致病菌之壹是革蘭氏陽性菌，其中最常見的是溶血性鏈球菌（如肺炎鏈球菌和鏈球菌屬），它們是人體正常菌群的壹部分，但在某些情形下可以引起感染。其余革蘭氏陽性菌如金黃色葡萄球菌和表皮葡萄球菌也可以導致亞急性感染性心內膜炎。
2、革蘭氏陰性菌：另壹類常見的致病菌是革蘭氏陰性菌，包括腸桿菌科的細菌（如大腸桿菌、克雷伯菌等）和非典型病原體（如變形桿菌屬和嗜肺軍團菌）。菌來自腸道或其余感染部位，通過血液循環進入心臟並引發感染。
3、真菌：除細菌外，真菌也可以引起亞急性感染性心內膜炎，尤其是在免疫功能受損的患者中。常見的致病真菌包括白色念珠菌屬和曲黴菌屬。