地獄兄弟影山死亡，留下矢車壹人，假天道與原蟲老板同歸於盡，尤裏過上了平常人的生活，眼鏡男被加賀美和天道合力打倒，神代劍死亡，風見大介繼續化妝師生活，天道到了德國做豆腐，加賀美成為了交警叔叔。
劇情簡介：
1999年10月19日，巨大隕石突然向地球飛來，落下並直接擊中日本涉谷，周圍地區因此毀滅，傷亡慘重，稱為“涉谷隕石事件”。即使7年後，涉谷仍未復興，並持續封鎖中。只是災難並未就此結束，壹切才剛開始。
隕石落下後，不明宇宙生物擬態成人類活動於城市中，不斷殺害人類並繁殖，造成人們的恐慌。為了消滅這些被稱為Worm的生物，人類組成了壹個秘密組織ZECT。
但由於Worm擁有難以肉眼辨認的高速移動能力“Clock Up”，ZECT壹再戰敗。最後的希望只剩下未及完成的武裝系統Masked Rider System（假面騎士系統）。如果有能夠裝備這套系統，並運用自如的人出現，那麽ZECT就能得到足夠的力量和Worm對抗。
某天，ZECT的實習隊員加賀美新，遇見了壹個自稱“行天之道，總司壹切”（天の道を往き、総てを司れ!）的奇怪男子。此人名為天道總司。
Worm再度出沒，ZECT隊員們被逼入絕境。目睹苦戰的同伴，加賀美決心要成為騎士而戰。但是，從空中飛來的Masked Rider System核心之壹“Kabuto昆蟲儀”，卻飛到了忽然出現的天道手中。
把從童年時就得到的腰帶與Kabuto昆蟲儀聯組在壹起，天道在壹瞬間被獨角仙外型的裝甲服包住身體，輕而易舉的打倒Worm，假面騎士Kabuto就此誕生。。對於他如此桀傲不馴的態度，加賀美感到驚愕而困惑。
但是，對於不過是壹介平民，而且非組織成員的天道，ZECT判定他沒有資格成為Kabuto的裝備者，並委托接連誕生的新騎士們，抹殺Kabuto適能者天道總司。
天道總司能否憑自己壹個人的力量守護壹切？逐漸明朗化的世界真相又是如何？
與隕石掉下毀滅涉谷的宇宙生物Worm，基本形態為綠色的「幼蟲」，統壹的外貌有壹雙手掩蓋面孔，遇見過的人類便能模擬對方面貌、記憶、行為及聲音，在人類社會殺害及進行侵略活動，ZECT軍事武器也未能使Worm損傷太多。
如果從「幼蟲」進化脫皮為成「成蟲」，外貌就會不同，活動及破壞能力也大大提升，並可進行超越人類感知能力的加速運動性，此現象被稱為「超速化」（補充：Kabuto是操控粒子控制時間流形成加速，也即是外面看起來速度很快但對他自己而已速度是不變的。
乃木的特殊CU的定義是比HCU更快，而HCU在穿越時空的時候可以達到超光速，所以乃木的速度要比超光速還快）。
擴展資料：
登場敵人：
Worm：
原文：ワーム
擁有將目標人物殺害，並擬態成被害人的習性。擁有幼蟲和成蟲的兩個形態。變成成蟲狀態後，能夠使用Clock Up的特殊能力。所謂Clock Up的能力，就是能夠以人類的眼睛無法辨認的超速度進行行動。
Native：
原文：ネイティブ
Worm的壹種，很久之前就來到地球研制騎士系統對抗後來的Worm。