這種手術自問世以來，也壹直備受質疑，幾乎每年，都有患者現身說法，說接受該手術後，視力不升反降。不過因為報道的都只是個例，加上很少有眼科醫生出來反對這項手術，即使有反對，也因為這些醫生的資格不夠，質疑聲很快消失。
後遺癥
但2012年2月，臺灣最早引進雷射(激光)近視矯正手術的臺北醫學大學眼科兼任教授蔡瑞芳突然宣布，今後不再動這種手術。他表示，因長期觀察發現，不少當年接受雷射手術的患者，十多年後視力明顯下降，分析可能和當年動刀後角膜瓣發炎有關。
作為第壹個將Lasik手術引入臺灣的“Lasik之父”，蔡瑞芳宣布永不再做這類手術，無疑在該行業投入了壹顆重磅炸彈。由於蔡瑞芳是知名專家，壹些網友也開始對激光治療近視手術本身的安全性產生質疑，甚至覺得該手術應該叫停。
進入2013年3月後，LASIK近視手術的創始人Gholam A. Peyman因為開發了LASIK激光近視手術技術,獲得了美國科學和創新界的認可,在今年2月份獲得了國家技術和創新獎並在美國白宮接受了奧巴馬總統的頒獎。發展了幾十年的激光近視手術再次被社會和醫學界所肯定。醫學界對近視手術的安全大討論也可以逐漸趨於理性化。該項手術在美國本土的開展已經成為常態化，其實很多在開展LASIK手術的醫生都對患者清晰的交代了術後的所有可能出現的問題，並針對術後的調理做
低風險說
有專家表示，激光治療近視的手術不是天使，也不是魔鬼。任何手術、任何治療手段都很難完全沒有風險，甚至框架眼鏡、角膜接觸鏡也有包括視力下降、角膜感染等風險。手術前把好檢查評估關，是獲得理想效果、降低術後視覺障礙並發癥的關鍵。
專家認為，激光手術後出現後遺癥的概率較小，不能因為小概率事件全盤否定該手術。而激光近視矯正手術也是有禁忌癥的，像早期圓錐角膜患者就不能進行該項手術。如果不是因為特殊疾病，而是比如職業需要、生活需要等原因，要不要在眼睛上動手術，只能是因人而異。
手術過程：
手術前：接受手術前，醫生會為病人眼睛作詳細檢查，假如病人有配戴隱形眼鏡，需在驗眼前暫停配戴，軟性隱形眼鏡需暫停1星期，而硬鏡則需暫停3星期。驗眼過程會比配眼鏡更詳細，包括量度眼睛屈光度數、最佳視力、角膜弧度、形狀及厚度，並會以顯微鏡檢查眼睛及眼球外部。亦會以眼藥水放大瞳孔以檢查病人的視網膜。放大瞳孔後眼睛會輕微畏光，看近物時會變得模糊，檢查後便會回復正常。
手術：手術前，病人的眼睛首先要經清冼消毒、然後滴麻醉藥作局部麻醉。之後，病人會平躺在手術床上，醫生會用眼撐(eyelid speculum)把眼睛撐開。手術過程中，病人會處於清醒狀態，並需要凝望著壹個目標燈號。