根據上述職責，市國土資源局設11個內設機構：
（壹）辦公室
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、安全、保密、政務公開等工作；承擔綜合組織協調、重大課題調研和起草重要文稿等工作；承擔國土資源信息化管理和對外合作交流工作。做好車輛管理、接待等後勤保障工作。
（二）宣教法規科
負責審核局內規範性文件，負責對重大問題進行調研，組織辦理土地、礦產、測繪管理方面的行政復議、應訴、賠償、聽證工作；組織協調依法行政和普法工作。組織實施國土資源科技發展規劃；負責國土資源宣傳和指令性業務培訓，承擔國土、地礦、測繪專業技術職稱的評定工作。
（三）土地規劃與耕地保護科
組織編制全市土地利用總體規劃、專項規劃和年度計劃，並組織實施和檢查執行情況；負責基本農田保護區劃定和管理；指導和審核縣（市、區）、鎮土地利用總體規劃；承擔與國土資源相關規劃的審查、審核工作；組織實施市級土地利用總體規劃；組織實施土地開發整理復墾專項規劃和計劃；負責建設項目用地預審；負責新增耕地的驗收管理及組織上報；負責國土資源綜合統計工作。承擔補充耕地方案審核，新增耕地監督檢查，補償耕地指標管理和耕地占補平衡年度考核等工作。
（四）土地利用管理科
承擔建設用地報批工作。負責土地征收和城鄉建設用地管理工作，檢查監督征地政策的落實；指導、監督、審查市區內農（居）民集體或個人建房用地的報批，負責指導農村集體建設用地使用權的流轉管理，協助擬訂征地拆遷補償標準上報市政府審批等工作。
（五）地產市場管理科
負責國有建設用地使用權儲備、供應、流轉的審核和監督管理，土地市場的監督管理，劃撥建設用地使用權補辦出讓審核；改變土地用途等土地使用條件審核；擬訂地價政策，監督管理地產市場秩序；負責國有建設用地土地定級、基準地價、標定地價的指導、制定與公布等工作。
（六）地籍管理科
組織實施地籍管理工作。負責組織開展土地利用現狀調查、動態監測、地籍權屬調查、年度變更調查和土地統計工作；負責辦理土地確權和登記、發證工作；協助法院查（解）封土地等工作。
（七）地質礦產管理科
承擔地址勘查管理工作，協助調處重大探礦權權屬糾紛；組織、協調和監督地質災害防治和應急管理工作；承擔礦山地質環境保護、評價和恢復治理工作，指導、監督礦山地質環境保護和恢復礦山自然生態保證金的征管工作；指導、監督古生物化石、地質遺跡、礦山地質遺跡等重要保護區、保護地的管理工作；依法管理水文地質、工程地質、環境地質勘查工作；負責地下熱水和飲用天然礦泉水的采礦權初審上報工作；組織協助監測、監督、預報地下水開采狀況和開發利用年度檢查工作。
負責組織編制和實施全市礦產資源規劃，監督管理礦產資源的開發利用與保護工作；承擔采礦權審批、礦山年度檢查、礦山儲量管理，指導、監督礦產資源行政規費的征管工作，監督管理礦業權市場；協助調處重大采礦權權屬糾紛；負責全市地質資料的匯交管理等工作。
（八）人事科（與紀檢組、監察室合署）
負責機關和指導直屬單位的人事管理、機構編制、勞動工資、計劃生育和離退休人員服務工作；負責機關和直屬單位的黨群工作；承擔下壹級國土資源主管部門領導幹部雙重管理主管方的具體工作；負責局機關、分局和事業單位的行政監察、紀檢、黨廉和內審工作；指導縣（市）國土資源主管部門領導幹部的行政監察、紀檢、黨廉工作。
（九）財務科
負責組織擬訂有關財務管理辦法，對局機關及直屬單位財務、國有資產進行管理和監督；負責對財政撥款的財務管理工作；負責局機關和分局、市轄區國土資源所經費和征地補償費的統壹核算與管理工作；負責編制和實施經費收支預算、決算有關工作；負責國土資源管理行政事業收費及其他收費的征收和管理；負責指導、監督縣（市）國土資源專項資金的管理使用工作；負責有關會計資料匯總上報，協助開展內審工作。
（十）執法監察支隊
負責土地、礦產資源、測繪行政執法監察和信訪工作；承擔違反土地、礦產資源和測繪管理法律、法規案件的查處工作，辦理信訪案件；負責建設用地批後監管和依法認定處置閑置土地；負責對土地利用總體規劃、農地轉用、征收土地、應急用地使用、土地資產處置、土地及礦產使用權交易行為的審查和監督；監督檢查全市國土資源動態巡查工作。
（十壹）測繪地理信息科
負責貫徹測繪地理信息法律法規，編制本行政區域基礎測繪規劃、地籍測繪規劃、年度計劃，並組織實施；負責測繪地理信息市場監督管理；負責測量基準維護管理；承擔組織實施政府測繪應急保障；承擔測繪資質、測繪項目、地圖出版審核審批和地圖管理；承擔測繪成果匯交、測繪成果保密、測繪成果質量監督檢查；指導縣（市）測繪地理信息工作；負責查處違法測繪行為和案件。