國家對事業單位實行核定收支、定額或者定項補助、超支不補、結轉和結余按規定使用的預算管理辦法。
定額或者定項補助根據國家有關政策和財力可能，結合事業單位改革要求、事業特點、事業發展目標和計劃、事業單位收支及資產狀況等確定。定額或者定項補助可以為零。
非財政補助收入大於支出較多的事業單位，可以實行收入上繳辦法。具體辦法由財政部門會同有關主管部門制定。
事業單位參考以前年度預算執行情況，根據預算年度的收入增減因素和措施，以及以前年度結轉和結余情況，測算編制收入預算草案；根據事業發展需要與財力可能，測算編制支出預算草案。
事業單位預算應當自求收支平衡，不得編制赤字預算。
事業單位應當根據國家宏觀調控總體要求、年度事業發展目標和計劃以及預算編制的規定，提出預算建議數，經主管部門審核匯總報財政部門（壹級預算單位直接報財政部門，下同）。事業單位根據財政部門下達的預算控制數編制預算草案，由主管部門審核匯總報財政部門，經法定程序審核批復後執行。
事業單位財務管理的基本原則是：執行國家有關法律、法規和財務規章制度；堅持勤儉辦壹切事業的方針；正確處理事業發展需要和資金供給的關系，社會效益和經濟效益的關系，國家、單位和個人三者利益的關系。
法律依據：《事業單位財務規則》第壹條為了進壹步規範事業單位的財務行為，加強事業單位財務管理和監督，提高資金使用效益，保障事業單位健康發展，制定本規則。