根據上述職責，環境保護部設14個內設機構：
（壹）辦公廳。
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、安全、保密、信訪、政務公開等工作。
（二）規劃財務司。
組織編制環境功能區劃、環境保護規劃；協調、審核環境保護專項規劃；承擔機關、直屬單位財務、國有資產管理、內部審計工作。
（三）政策法規司。
擬訂環境保護政策；承擔涉及環境保護的其他政策的制定工作；起草法律法規草案和規章；承擔機關有關規範性文件的合法性審核工作；承擔機關行政復議、行政應訴等工作。
（四）行政體制與人事司。
承擔機關和派出機構、直屬單位的人事、機構編制工作；承擔環境保護系統領導幹部雙重管理的有關工作；承擔環境保護行政體制改革的有關工作。
（五）科技標準司。
承擔環境保護科技工作；承擔國家環境標準、環境基準和技術規範的擬訂工作；參與指導和推動循環經濟與環保產業發展。
（六）汙染物排放總量控制司。
擬訂主要汙染物排放總量控制和排汙許可證制度並組織實施；提出總量控制計劃；考核總量減排情況；承擔環境統計和汙染源普查工作。
（七）環境影響評價司。
承擔規劃環境影響評價、政策環境影響評價、項目環境影響評價工作；監督管理環境影響評價機構資質和相關職業資格；對超過汙染物總量控制指標、生態破壞嚴重或者尚未完成生態恢復任務的地區，承擔暫停審批除汙染減排和生態恢復項目外所有建設項目的環境影響評價文件的工作。
（八）環境監測司。
組織開展環境監測；調查評估全國環境質量狀況並進行預測預警；承擔國家環境監測網和全國環境信息網的有關工作。
（九）汙染防治司。
擬訂和組織實施水體、大氣、土壤、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品、機動車的汙染防治法規和規章；組織實施排汙申報登記、跨省界河流斷面水質考核等環境管理制度；組織擬訂有關汙染防治規劃並對實施情況進行監督。
（十）自然生態保護司（生物多樣性保護辦公室、國家生物安全管理辦公室）。
組織編制生態保護規劃；提出新建的各類國家級自然保護區審批建議，對國家級自然保護區的保護工作進行監督；組織開展生物多樣性保護、生物遺傳資源、農村生態環境保護工作；開展全國生態狀況評估；指導生態示範創建與生態農業建設；承擔國家生物安全管理辦公室的工作。
（十壹）核安全管理司（輻射安全管理司）。
承擔核安全、輻射安全、放射性廢物管理工作，承擔法律法規草案的起草工作，擬訂有關政策；承擔核事故、輻射環境事故應急工作；對核設施安全、放射源安全和電磁輻射、核技術應用、伴有放射性礦產資源開發利用中的汙染防治實行監督管理；；承擔有關國際條約實施工作。
（十二）環境監察局。
監督環境保護規劃、政策、法規、標準的執行；組織擬訂重特大突發環境事件和生態破壞事件的應急預案，指導、協調調查處理工作；協調解決有關跨區域環境汙染糾紛；組織實施建設項目環境保護“三同時”制度。
（十三）國際合作司。
研究提出國際環境合作中有關問題的建議；承辦有關環境保護國際條約的履約工作；參與處理涉外的環境保護事務；承擔與環境保護國際組織聯系事務；承擔外事工作。
（十四）宣傳教育司。
研究擬訂並組織實施環境保護宣傳教育綱要；組織開展生態文明建設和環境友好型社會建設的宣傳教育工作；承擔部新聞審核和發布。
機關黨委 負責機關和在京派出機構、直屬單位的黨群工作。 1992年，中國政府批準成立中國環境與發展國際合作委員會（簡稱國合會）。國合會是壹個高級國際咨詢機構，國合會的主席由中華人民***和國國務院的領導同誌擔任（現任主席為國務院副總理曾培炎）。國合會的主要職責是針對中國環發領域重大而緊迫的關鍵問題提出政策建議並進行政策示範和項目示範。國合會委員包括中國國務院各有關部委的部長或副部長、國內外環發領域的知名專家、教授以及其他國家的部長和國際組織的領導。
國合會每年召開壹次全體會議（年會），會議由國合會主席團主持。國合會中外委員、核心專家以及課題組組長屆時參會。每次國合會年會都設立壹個主題。根據會議主題邀請2-3名國內外著名人士作主旨發言，並進行壹般性辯論。邀請中國有關部門和省、自治區、直轄市的代表作特邀發言，介紹中國實施可持續發展戰略的情況。邀請國合會各捐款國的代表和對國合會感興趣的使館、國際機構的代表作為觀察員參加年會。 事業單位
環境保護部環境應急與事故調查中心
環境保護部機關服務中心
中國環境科學研究院
中國環境監測總站
中日友好環境保護中心
中國環境報社
中國環境科學出版社
環境保護部核與輻射安全中心
環境保護部環境保護對外合作中心
環境保護部南京環境科學研究所
環境保護部華南環境科學研究所
環境保護部環境規劃院
環境保護部環境工程評估中心
環境保護部衛星環境應用中心
環境保護部北京會議與培訓基地
環境保護部興城環境管理研究中心
環境保護部北戴河環境技術交流中心
派出機構
環境保護部華北環境保護督查中心
環境保護部華東環境保護督查中心
環境保護部華南環境保護督查中心
環境保護部西北環境保護督查中心
環境保護部西南環境保護督查中心
環境保護部東北環境保護督查中心
環境保護部華北核與輻射安全監督站
環境保護部華東核與輻射安全監督站
環境保護部華南核與輻射安全監督站
環境保護部西南核與輻射安全監督站
環境保護部東北核與輻射安全監督站
環境保護部西北核與輻射安全監督站
社會團體
中國環境科學學會
中國環境保護產業協會
中華環境保護基金會
中國環境新聞工作者協會
中國環境文化促進會
中華環保聯合會