以藥補醫是在新醫改以前醫院存在的弊端，就是醫生在治病的過程中掙到自己的工資，開的藥越多、越貴收入就越高（賣的藥越多提成就越多），所以就造成了醫生為了掙到更多的工資不顧病人的承受能力加價加藥， 從而就產生了看病難、看病貴的問題。
“以藥補醫”的政策是上世紀五十年代在國家財力不足、對公立醫院補助有限的情況下制定的。這項政策在歷史上對於保障公立醫院的運行和發展起到了積極作用。但從目前的情況看，產生了壹些新的問題，由於監管制度缺陷和公***財政投入嚴重不足，公立醫院收取藥品加成這壹“以藥補醫”做法，助長了醫院趨利傾向，導致公立醫療機構的運行和發展嚴重依賴藥品收入，開大處方、多用藥、用貴藥現象的發生，加重了人民群眾看病就醫的費用負擔。
全國衛生工作會於2012年1月5日在北京召開，衛生部部長陳竺表示，“十二五”醫改需要突破八個關鍵問題，取消“以藥補醫”是其中之壹。此外，要使醫患關系在“十二五”期間有根本好轉。陳竺表示，為了衛生隊伍的長遠建設，這個機制早晚要改。他要求各地衛生行政部門充分發揮醫保補償作用，穩步推進價格改革，爭取“十二五”期間在全系統穩妥有序地革除以藥補醫弊端。2011年300個試點縣先行推開，力爭2013年在縣級醫院普遍推行，2015年在所有公立醫院全面推開。
“十二五”期間要突破的關鍵問題還包括全面推進支付制度改革、鞏固完善基層醫療衛生機構運行新機制、全面建立信息公開制度、全面推進藥品集中采購等。