專用憑證和通用記賬憑證的區別如下：
1、處理方法不同
專用憑證應按年計算，分月或分季預繳。每月終了，企業應將成本費用和稅金類科目的月末余額轉入“本年利潤”科目的借方，將收入類科目的余額轉入“本年利潤”科目的貸方。
然後再計算“本年利潤”科目的本期借貸方發生額之差。貸方余額則為企業實現的利潤總額即稅前會計利潤，借方余額則為企業發生的虧損總額。
而通用記賬憑證認為,所得稅會計的首要目的應是確認並計量由於會計和稅法差異給企業未來經濟利益流入或流出帶來的影響,將所得稅核算影響企業的資產和負債放在首位。而收益表債務法從收入費用觀出發,認為首先應考慮交易或事項相關的收入和費用的直接確認,
從收入和費用的直接配比來計量企業的收益。
2、目的不同
專用憑證就是把產品賣好，讓產品好賣營銷策略主要目的是了解產品的潛在市場和銷售量，以及競爭對手的產品信息。只有對掌握了市場需求，才能做到有的放矢，減少失誤，從而將風險降到最低
而通用記賬憑證面臨的是壹個動態的市場環境，為實現企業既定的營銷目標，營銷策略應當根據市場的變化及時調整價格決策的目標。
3、核心要點不同
專用憑證給企業帶來新的機會，也可能帶來新的難題，如新的法律、新的政策的實施，對企業營銷可能產生有利或不利的影響，掌握環境的發展趨勢是企業制定戰略計劃的重要前提。
而通用記賬憑證避免和聲譽較高的名牌商品展開正面競爭。名牌商品都處於高度的商品保護地位。
4、開發票時填寫的信息不同
銷售方需要在專用憑證的“購買方納稅人識別號”欄填寫購買方的統壹社會信用代碼。購買方為企業的憑證，索取專用憑證時，應向銷售方提供統壹社會信用代碼。
而銷售方為其提供通用記賬憑證時，應在“購買方納稅人識別號”欄填寫購買方的納稅人識別號，不符合規定的發票，不得作為稅收憑證。
通用記賬憑證是具有唯壹性的，只要稅務發票系統裏面查到了這家企業的發票代碼不同，就可以查詢到這家企業的進銷項發票情況，也就可以知道企業是否虛開發票了。
5、格式不同
專用憑證的格式、字體、欄次、內容與增值稅專用發票完全壹致，按發票聯次分為兩聯票和五聯票兩種，基本聯次為兩聯，第壹聯為記賬聯，銷貨方用作記賬憑證；第二聯為發票聯，購貨方用作記賬憑證。
而通用記賬憑證第二聯（發票聯）采用防偽紙張印制。代碼采用專用防偽油墨印刷，號碼的字型為專用異型體，第壹聯為發票聯，銷貨方用作記賬憑證；第二聯為記賬聯。
6、內容不同
專用憑證，即對被審計單位的內部控制政策和程序的設計是否適當所進行的審計程序。
而通用記賬憑證，即被審計單位的內部控制政策和程序是否發揮應有的作用。如果被審計單位的控制政策和程序未能發揮其應有的作用，即使設計得再完整，也不能減少財務報表中出現重大錯報或漏報的風險。
百度百科-通用記賬憑證
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