1. 版本差異：《鋼之煉金術師FA》是基於原作漫畫重新制作的版本，而2003年播出的“03版”是動畫未完成之前就開始創作的版本，因此前半部分故事基本上都是按照動漫中的情節來寫的，而後半部分則是動畫制作公司自己創作的。
2. 劇情差異：由於兩個版本播出的時間不同，原作漫畫的進度也不同，因此兩個版本的劇情發展也不同。“fa”版本是在漫畫即將結束的時候才開始制作的，因此完全按照原作漫畫的劇情來制作，沒有發生任何變化。而“03版”在動畫化的時候，原作漫畫僅出版到單行本第5卷，無法跟上動畫的進度，於是後期部分劇情轉為原創劇情。
3. 側重不同：03版在情節上較多地強調了對情節的刻畫和對細節描寫，使影片充滿了壹股濃濃的悲劇色彩。而FA版本則更側重於劇情的發展和謎題解開，所以看起來很有氣勢。
4. 主題不同：03版以“等價交換”為題目，突出了人們為自己的理想與快樂所要支付的代價，這些代價常常比人們所期望的要高。而FA版本的主題為“人類之心”，主要表現的是在困難與挑戰面前，人們不會放棄，不會妥協，不會退縮，不會屈服，及人類間相互扶持，相互信任, 相互關愛的感情。
5. 結局不同：在FA版本中，艾德與阿爾最終恢復了身體，揭穿了幕後黑手，挽救了壹個國家。而在03版中，艾德以自己的生命為代價，穿越到另壹個世界，阿爾卻依然在這個世界中搜尋著他。
總的來說，《鋼之煉金術師FA》和原版各有各的特點和風格，兩個版本都是非常出色的動畫作品。