初平三年(192年)，袁紹在界橋迎戰公孫瓚;而鉅鹿太守李邵和郡中仕宦認為公孫瓚兵力強盛，都想要歸屬於他。於是袁紹讓董昭兼任鉅鹿太守。袁紹問：“妳用什麽辦法制禦他們?”董昭回答說：“憑我壹個人的微力，不能消彌眾人的預謀，我想假作應合同意的樣子，引誘他們說出實情，然後再根據具體情況臨時權變來制馭他們。計策只能臨時想出，現在沒法預先談論。”
當時鉅鹿郡裏的大姓人家孫伉等幾十人是主要的策劃者，鼓動官吏和百姓。董昭到了郡裏，偽造了壹份袁紹的檄文告訴全郡說：“得到賊人的偵察兵安平、張吉的口供，他們會來進攻鉅鹿，賊方原孝廉孫伉等人作為內應，此檄文傳到郡中，即將孫伉等逮捕軍法從事，只懲罰他們本人，妻兒不予連坐。”董昭依照檄文的控訴、命令，將孫伉等人立即斬首。全郡人驚惶恐慌，董昭挨個予以安慰，於是全都安定下來。事情結束後，董昭向袁紹匯報，袁紹十分贊許。
恰逢魏郡太守栗攀被士兵所害，袁紹就讓董昭兼任魏郡太守。當時全郡境內秩序大亂，賊人數以萬計，他們派使者相互往來，進行買賣貿易。董昭十分重視這種情況，找機會在他們中間進行離間，乘他們力量虛弱時發兵征討，打得賊方大敗。兩天內三傳捷報。
建安十二年(207年)，曹操遠征烏桓，運糧困難，在董昭的建議下開鑿了平虜、泉州二渠入海通運，解決了運糧問題。曹操上表封董昭為千秋亭侯，轉拜司空軍祭酒。
太和六年(232年)，董昭被正式任命為司徒，董昭上疏，陳述末流的弊病說：“凡是占有天下的人，沒有人不崇尚敦厚樸實忠誠守信的人士，而對那些虛偽不實的人深惡痛絕。近年的事例：魏諷在建安末年被誅殺，曹偉在黃初初年被斬首。我恭敬地註意到聖上前後所頒布的詔令，對浮華虛偽深惡痛絕，想要擊破不正當的結黨，常常使用切齒的言辭;然而那些執法的官吏都畏懼那些人的權勢，沒有人能對他們揭發糾查，這樣就使得對風俗的敗壞侵犯越來越嚴重。我看到當今少年不再以學問為作人的根本，轉而把四處交遊作為他們的職業;國中傑出的人士不把孝悌和清廉的修養當作首務，竟然把追逐權勢、惟利是圖當作第壹位的事情。他們群相糾結，合成團體，互相吹捧贊賞，以毀謗和貶低來懲罰和羞辱，以袒護贊譽為封爵賞賜，誰依附他們，他們就對誰贊嘆不已，誰不依附他們，就成了缺點和罪過。
聽說還有人讓家奴門客書記和有職位的家屬冒用他的名字，出入往來官府禁地，交換流通書信公文，偵探察問。所有這些事情，都是國法所不允許，刑罰所不能赦免的，即使是魏諷、曹偉的罪行，也不會超過這些了。”曹叡於是發出嚴厲的詔令，斥責、罷免了諸葛誕、鄧飏等人。
青龍四年(236年)五月乙卯(十三)日(7月4日)，董昭去世，享年81歲，謚定侯。