上海市慈善基金會現任理事長為陳鐵迪女士，理事長、副理事長和理事***23人。理事會下設募捐委員會、救助委員會、宣傳文化委員會、資產管理委員會等四個專業委員會和眾仁服務中心。這些部門之下分設籌款工作部、對外聯絡部、慈善物資管理中心、醫療工作部、慈善教育培訓中心、宣傳文化部、《至愛》雜誌社、慈善事業發展研空中心、資產管理部、眾仁花苑、眾仁樂園、金山眾仁護理院和眾仁兒童康復中心。基金會在全市19個區縣設立了分會。2004年底，上海市慈善基金會成立了慈善義工總隊。
基金會還設有審計室、監事會、法律顧問團、會計顧問團等機構，對業務和財務工作進行監督檢查。每年由獨立的審計機構對基金會的財務進行審計檢查，通過《解放日報》將審計結果向社會公布。
捐款人可通過上述各種渠道查詢捐贈資金的使用情況，也可獲取受助人的名單和通訊方式直接聯系。