清華學堂的資金來源是美國政府本來就應該退回清朝政府的錢，這些錢的所有權本來就是清朝政府的。當年駐美公使梁誠查出中國實際應賠付給美國的只有200多萬美元，而美國政府獲得了2444萬美元的庚子賠款。經過梁誠與美方反復交涉，終使美國退款變成事實。但是美國政府卻對清華學堂有很強的幹預權，1911年2月肄業館改名為“清華學堂”，建立學堂的費用基本來自退回的庚子賠款。次年，清華學堂改由外交部主管，教育部不再參與，並且學堂直接聽命於美國駐華使館，學堂董事會及校務由美國充任。
美國政府在退回多收的庚子賠款時，設定了附加條件，就是退回的款項必須是用於培養赴美國留學生，所以清華大學才與美國具有淵源關系。但是多年來坊間流傳的卻是美國政府主動退回部分庚子賠款用於資助中國創辦了清華學堂（就連許多在美華人和留學生都誤以為是這樣的）。