第壹、二卷為序例；第三、四卷為百病主治藥類；第五卷為水部二類：天水類、地水類；第六卷為火部壹類；第七卷為土部壹類；第八至十壹卷為金石部，分五部分：金類、玉類、石類、鹵石類、附錄；第十二至二十壹卷為草部類，***分十壹類：山草類、芳草類、隰草類、毒草類、蔓草類、水草類、石草類、苔類、雜草類、有名未用；第二十二至二十五卷為谷類，***分四類：麻麥稻、稷稻、菽豆、造釀；第二十六至二十八卷為菜部，分五大類：葷辛類、柔滑類、蓏菜類、水菜類、芝栭類；第二十九至三十三卷為果部，分六類：五果類、山果類、夷果類、味類、蓏類、水果類、附錄；第三十四至三十七類為木部，分六類：香木類、喬木類、灌木類、寓木類、苞木類、雜木類、附錄；第三十八卷服器部二類：服帛類、器物類；第三十九至四十二卷為蟲部四類：卵生類、化生類、濕生類、附錄；第四十三、四十四卷為鱗部五類：龍類、蛇類、魚類、無鱗類、附錄；第四十五、四十六卷為介部二類：龜鱉類、蚌蛤類；第四十七至四十九卷為禽部四類：水禽類、原禽類、村禽類、山禽類、附錄；第五十、五壹卷為獸部五類：畜類、獸類、鼠類、寓怪類；第五十二卷人部壹類。