有區別，主要區別是，功效不同、適用病癥不同、註意事項不同，具體如下：
壹、功效不同
1、保濟丸
主要功效：解表，祛濕，和中。
2、藿香正氣丸
主要功效：解表化濕，理氣和中。
二、適用病癥不同
1、保濟丸
用於暑濕感冒，癥見發熱頭痛、腹痛腹瀉、惡心嘔吐、腸胃不適，亦用於暈車暈船。
2、藿香正氣丸
用於暑濕感冒，頭痛身重胸悶，或惡寒發熱，脘腹脹痛，嘔吐泄瀉。
三、註意事項不同
1、保濟丸
①、忌煙、酒及辛辣、生冷、油膩食物。
②、外感燥熱者不宜服用。
③、有高血壓、心臟病、肝病、糖尿病、腎病等慢性病嚴重者應在醫師指導下服用。兒童、孕婦、哺乳期婦女、年老體弱者應在醫師指導下服用。
2、藿香正氣丸
①、飲食宜清淡。
②、有高血壓、心臟病、肝病、糖尿病、腎病等慢性病嚴重者、孕婦或正在接受其它治療的患者，均應在醫師指導下服用。
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