會計機構內部稽核制度的內容如下：
1、審核單位的財務、成本、費用等計劃指標項目是否齊全，指標編制依據是否可靠，有關計算是否正確，各項計劃指標是否互相銜接等。
2、審核單位實際發生的經濟業務或財務收支是否符合相關法律、法規、規章制度的規定。
3、審核會計憑證、會計賬簿、財務會計報告和其他會計資料的內容是否真實、完整，計算是否正確，手續是否齊全，是否符合有關法律、法規、規章、制度的規定。
會計機構，是指各單位辦理會計事務的職能部門。根據《會計法》的規定，各單位應當根據會計業務的需要，設置會計機構，或者在有關機構中設置會計人員並指定會計主管人員; 不具備設置條件的，應當委托經批準從事會計代理記賬業務的中介機構代理記賬。
會計機構應遵循的基本原則：
（1）合規合法原則。內部財務會計控制應當符合國家有關法律法規和會計基礎工作規範，以及單位的實際情況。
（2）全員性原則。內部財務會計控制應當約束醫院內部涉及會計工作的所有人員，任何個人都不得擁有超越內部會計控制的權力。醫院院長應當對該院的內部會計控制的建立健全及有效實施負責。
（3）全面性與系統性結合原則。內部財務會計控制應當涵蓋醫院內部涉及會計工作的各項經濟業務及崗位。並應針對業務處理過程中關鍵控制點。落實到決策、執行、監督、反饋等各個環節。