北方艦隊：這是俄羅斯海軍老大，實力最強。司令部設在北摩爾斯克市，艦隊下轄2支核潛艇分艦隊（43艘各型核潛艇）、1支戰役分艦隊（即大西洋分艦隊）和1支區艦隊。其大西洋分艦隊下轄2支水面艦隊總隊，***計有1艘重型航母（“庫茲涅佐夫”號）、3艘基洛夫級核動力導彈巡洋艦、1艘光榮級導彈巡洋艦、5艘現代級導彈驅逐艦和6艘無畏級反潛驅逐艦；其科拉區艦隊下轄1支登陸艦支隊、1支潛艇支隊、1支導彈艇支隊、1支水域護衛支隊、1支掃雷艇支隊、1支基地掃雷艇支隊、1支偵察艇支隊和1支保障支隊。另外，北方艦隊白海基地還有2支建造和維修艦艇支隊、1支水域護衛艦大隊和3個海軍艦船修理廠。
太平洋艦隊：司令部設在海參葳，艦隊下轄1支核潛艇分艦隊（其下有2支核潛艇總隊，***20艘各型核潛艇）、濱海區艦隊和堪察加區艦隊。濱海區艦隊轄有1艘基洛夫級核動力導彈巡洋艦、1艘光榮級導彈巡洋艦、4艘現代級導彈驅逐艦；1支反潛艇支隊（4艘無畏級反潛驅逐艦）、1支水面艦艇支隊（14艘導彈艇）、1支小型反潛艇大隊（5艘小型反潛艦）、1支偵察艦支隊（6艘偵察艇）、1支保障船只支隊。堪察加區艦隊轄有1支常規潛艇支隊（3艘基洛極常規潛艇）、1支小型導彈艇大隊（4艘導彈艇）、1支水域護衛支隊（3艘小型反潛艦、5艘掃雷艇）、1支偵察艇支隊及其他保障和供給艦船。
黑海艦隊：司令部設在塞瓦斯托波爾（現為烏克蘭領土，俄軍在建設新的基地，2010年左右司令部就要搬遷），總兵力1.8萬人，下轄1支水面艦艇總隊（其下有壹支反潛艇支隊），有1艘光榮級導彈巡洋艦、2艘無畏級反潛驅逐艦和3艘導彈艇；1支登陸艦支隊（7艘大型登陸艦）、1支獨立潛艇大隊、1支水域護衛艦支隊（6艘小型反潛艦、5艘小型掃雷艦）、1支導彈艇大隊、1支偵察艦支隊、1支維修艦支隊、1支艦隊保障支隊。其新西羅斯克海軍基地預計2010年完成建設，基地護衛力量由1支水域護衛艦支隊組成，有2艘小型反潛艇、2艘指揮艦、6艘掃雷艇和1個水文地理站。
波羅地海艦隊：這是俄羅斯最老牌的海軍艦隊，歷史最悠久，但現在實力居末，司令部設在加裏寧格勒（二戰中與德國瓜分波蘭所得，現為俄羅斯飛地），總兵力3.6萬人，下轄1支水面艦艇總隊（其下有1支水面艦隊支隊，***有2艘現代級導彈驅逐艦、3艘導彈艇、7艘登陸艦）、1支登陸艦大隊（3艘登陸艦）、1支水域護衛支隊（3艘小型反潛艦、3艘掃雷艇）、1支導彈艇支隊（9艘導彈艇）、1支導彈艇大隊（10艘導彈艇）、1支偵察艇支隊（3艘偵察艇）、1支救援艦大隊、1支在造和維修艦艇支隊。其彼得堡海軍基地轄有1支潛艇大隊、1支水域護衛支隊（3艘小型反潛艦和6艘掃雷艇）、1支訓練和維修艦船支隊、1支海洋地理考察隊、1支輔助和訓練船只大隊、1支救援船只大隊。
裏海區艦隊：司令部設在阿斯特拉罕，總兵力2萬人，下轄1支水域護衛支隊（1艘導彈護衛艦、2艘導彈艇和4艘快艇）、1支海域護衛艦支隊（1艘獵雷掃雷艦和18艘掃雷艇）、1支保障船只支隊、1支救援船只支隊、1支水文地理船只大隊、1支獨立岸防導彈大隊和1個地效飛行器基地（就是曾被美國稱為“裏海怪獸”的東東）。
土耳其海峽是黑海艦隊的管轄範圍