很多時候農家生態旅遊的經營者為了利益往往犧牲了生態環境，破壞了原有的生態，更造成了環境汙染。這樣做並不利於農家生態旅遊的可持續發展，所以在發展旅遊的同時更應該保護生態環境。政府必須在農家生態旅遊開發中發揮主導作用，做好農家生態旅遊發展規劃。壹是要把農村旅遊資源的開發納入區域開發的大系統中，科學規劃、合理布局，充分考慮到當地旅遊市場的需求、規模和發展趨勢，量力而行，避免盲目投資與開發，保護好農村特有的農業生態環境，使自然資源得到充分利用。二是要在農家生態旅遊開發前期，以及開發、經營過程中做好環境影響評價和環境監測工作。環境影響評價的重點是鄉村旅遊對自然資源、生態環境的影響評價，特別是生態承載力和旅遊容量的評價。旅遊業雖被稱為“無煙產業”，但其經營同樣可以造成汙染。農家生態旅遊區內的生態環境更加脆弱，遊人、旅遊設施大批湧現，汙染物增多更易破壞生態平衡。對大氣、水體、土壤進行長期的環境監測，以判斷鄉村環境質量是否符合有關規定。