《辦法》確立了學籍管理的三個基本原則，也是三個內在的制度邏輯。
壹是省級統籌，屬地管理。中小學生學籍管理是基礎教育管理的重要內容。根據《義務教育法》規定的“義務教育實行國務院領導，省、自治區、直轄市人民政府統籌規劃實施，縣級人民政府為主管理的體制”和《國務院關於基礎教育改革和發展的決定》提出的基礎教育“實行在國務院領導下，由地方政府負責、分級管理、以縣為主的體制”，並充分考慮到各地學籍管理的實際情況和較大差異，《辦法》確定了省級統籌、屬地管理的原則，明確了各級教育行政部門及學校在學籍管理中的具體權限和職責，要求省級教育行政部門制定《辦法》的實施細則，根據國家法律法規和當地實際統籌制定各學段各類學籍變動的具體條件和辦法，但對學籍信息的管理全國統壹。
二是壹人壹籍，籍隨人走。學籍是指某個兒童少年作為某所學校學生的身份，也是學生在該校學習的資格。學生和學校構成了學籍的兩個基本要素。正常情況下每個學生都應擁有壹個學籍，對應著某所學校。調研發現，壹些地方對學籍的取得、變動、喪失、恢復、完結等方面的規定和管理不夠嚴謹，出現了壹人多籍、人籍分離、有人無籍等問題。為確保中小學生學籍的唯壹性，《辦法》規定了新生辦理入學手續後，學校就要為其建立學籍，通過電子學籍系統申請學籍號。學籍號在全國範圍內具有唯壹性，終身不變。學籍號生成規則由國務院教育行政部門制訂。同時規定學校不得以虛假信息建立學生學籍，不得重復建立學籍。學校和學籍主管部門應利用電子學籍系統進行查重。
為確保學籍內容真實、及時記錄學生基本信息和學習情況，也為了確保數據更新的及時性和方便統計，防止出現學生在原學校“不辭而別”，在新學校無從登記和無法統計，確定了“籍隨人走”原則。除普通學校接收特殊學校學生隨班就讀、特殊教育學校、工讀學校外，學校不得接收未按規定辦理轉學手續的學生入學。
三是動態監管，全程跟蹤。學籍管理的壹個重要作用就是全面、全程記錄學生的成長經歷。為全面記錄學生的成長情況，《辦法》立足促進全面實施素質教育設計了學生學籍檔案基本內容，除包括學籍基礎信息外，還包括學生的綜合素質發展報告（含學業考試信息、體育運動技能與藝術特長、參加社區服務和社會實踐情況等）；體質健康測試及體檢信息、預防接種信息等；學生在校期間的獎勵信息，以及享受資助信息等。為完整記錄學生的成長過程，《辦法》規定了學籍變動，包括正常變動（升級、升學）和非正常變動（轉學、休學、復學、出境、輟學、死亡）處置的辦法和流程；對於跳級、留級和失蹤等學籍異動雖然沒有直接提及，但已經體現在學生學籍信息發生變化後的處置要求中。為兼顧基礎教育階段的各類學生，《辦法》覆蓋了在普通學校隨班就讀的殘疾學生、工讀學校、特殊教育學校學生的情況，還考慮了外籍學生和港澳臺學生的學籍管理問題。總之，《辦法》力圖構建跨地域、貫穿基礎教育各學段、動態監管、全程跟蹤的綜合體系。