其最初成員大多來自“骷髏部隊”（Totenkopfverbande），而骷髏部隊最早可以追溯到1740年腓特烈·威廉壹世（Frederick William I）葬禮旗幟上的骷髏圖案，為了紀念這位先皇，在次年成立了皇家近衛隊——第壹和第二近衛輕騎兵團（Leib-Haussaren Regiment），他們身著黑色制服並且在皮毛帽子上繡上骷髏標誌。在壹次大戰中骷髏圖案也成為德軍精銳部隊的標誌，例如突擊部隊和裝甲部隊等等。在壹戰結束後少數的自由軍團也把骷髏標誌漆在鋼盔和車輛上，因為它也有著傳統主義、反自由主義和反***產主義的涵義。後來在30年代初被定為黨衛隊和其下屬骷髏部隊的標誌，其意義黨衛隊高級指導處的真正創建者阿洛伊斯·羅森溫克曾說過：“我們在我們的黑色帽子上佩帶骷髏標誌，借以警告我們的敵人，並向我們的領袖表示，我們隨時準備用自己的生命去實現他的理想。
波蘭戰役後，新建了壹些武裝黨衛隊師團。第3武裝黨衛隊師由壹些參加過波蘭戰役的“骷髏”單位和國內“骷髏”組織的後備隊加上其他壹些武裝黨衛隊輔助部隊而組成。其中壹些來自武裝黨衛隊“Heimwehr Danzig”部隊，它原先是武裝黨衛隊骷髏營“Gotze”，經過擴編後改名為武裝黨衛隊“Heimwehr Danzig”部隊，規模在營與團之間。這個部隊在陸軍指揮下參加了波蘭戰役，之後壹些部隊被調出以作為新成立的“骷髏”師的骨幹。“骷髏”師在Dachau附近的武裝黨衛隊訓練基地編成，隨後在Wurttemberg和Truppen Ubungsplatz Obermunsingen接受進壹步培訓。當培訓結束後，正式任命了Theodor Eicke為該師師長，他原先是國內“骷髏”組織的總指揮。
1943年2月，該師回到東線加入南方集團軍群。隨後參加了對蘇軍冬季攻勢（已經在斯大林格勒殲滅了第六集團軍）的反擊。在第二次哈爾科夫會戰中，它加入了南線反擊部隊，為重奪哈爾科夫立下了戰功。在這期間，該師師長Eicke戰死。那以後，它參加了庫爾斯克會戰，在南線與黨衛隊兄弟部隊壹起參與了幾場最重要和最血腥的戰鬥（包括了在Prochorovka的坦克大戰）。會戰結束後，“骷髏”師擔當起了東線的預備隊（消防隊），轉戰東線南部和中部近壹年之久。在這期間，1943年10月它被改編成了裝甲師，名字也改為：第3武裝黨衛隊“骷髏”裝甲師。
1944年，整個東線的情況變得非常糟，蘇軍在每個地段都取得了突破。特別是在中央戰線，蘇軍在壹場可能是二戰中最大的攻勢裏打垮了德軍中央集團軍群，兩周內向前推進了超過三百公裏。當攻勢停止時，他們已經渡過維斯瓦河，站在華沙的大門口了。為配合蘇軍的挺進，華沙城內爆發了起義，“骷髏”師和其他部隊壹起緊急趕往華沙地區，制止了蘇軍的前進並鎮壓了起義（除開道義因素，不能不說這是壹個非常了不起的軍事成就，後方不穩，面對強敵，很不容易）。近兩個蘇聯集團軍被“骷髏”裝甲師和“維京師”以及陸軍第19裝甲師壹起擊退，被迫回撤至維斯瓦河對岸。
隨後，該師被派往南方參加布達佩斯解圍戰。為了解救被圍的45,000德軍，“骷髏”師壹直打到了布達佩斯機場，但迫於蘇軍的強大兵力和資源優勢，始終未能達到目的。（戰史上也有爭論，因為該師被從機場附近撤回，在布達佩斯北面發起攻勢，希望能包圍和摧毀壹些蘇聯部隊，但未達目的。如果從機場繼續攻擊，有可能為被圍部隊打開壹條通路，但這是後話了。）
從那以後，隨後該師在布達佩斯以西進行防禦作戰，壹直退到維也納附近。該師於1945年5月9日向美軍投降，但作為戰俘被移交給了蘇軍。
在黨衛軍骷髏師所經歷的惡戰中，最令該師官兵難忘的惡戰，無疑是從1941年9月到1942年4月的德米揚斯克戰役，這場歷時將近半年的惡戰令骷髏師的減員數量為全師作戰人員數量的1/2，同時也是這次戰鬥令骷髏師贏得了前所未有的榮譽，所有的骷髏師成員因為此次戰役的出色表現，被授予“德米揚斯克戰役紀念臂章”並且榮獲“starkemote”的榮譽稱號，使骷髏師從此成為所有蘇軍最頭痛的幾支黨衛軍部隊之壹。在德米揚斯克的惡戰後，該師（戰鬥群）撤往Lovat河附近休整，但壹部分部隊留在了德米揚斯克繼續執行防禦任務，直到1942年10月整個師團前往法國進行整編。 德米揚斯克包圍戰體現了骷髏師頑強的戰鬥力，事後希特勒特意命令參謀本部設計“德米揚斯克紀念臂章”每名骷髏師成員皆可獲得。參與行動的全部士兵也都獲得了該榮譽臂章。這壹戰之後，骷髏師真正的打出了威風和名聲，成為了蘇軍最恐懼的幾只德軍部隊. “骷髏”師的第壹任指揮官西奧多·艾克（Theodor Eicke，他曾兩度擔任該師的師長）在擔任了師長後表現得很能夠適應軍人的精神狀態。他這個早先的集中營看守人員仿佛變了樣，整天待在他的司令部裏，剪取形勢圖的戰術標記，用這些標記在地上擺弄，模擬壹個師如何行軍——他是偷偷地幹的，以免他的總參謀部裏首席參謀部軍官對他突然愛上軍事有所覺察。當1942年2月8日蘇聯部隊在德米揚斯克包圍了“骷髏”師和另外5個陸軍師時，蘇軍發現，在德國的師壹級將領中，艾克是壹個考慮周密而又十分頑強的對手。陸軍元帥布施曾這樣說過：特別要歸功於“副總指揮艾克的有力指揮”，使得在德米揚斯克被包圍的部隊能堅持幾個月之久。隨後，其他黨衛軍部隊配合陸軍強行打開包圍圈，解救了蘇聯軍隊重圍的德米揚斯克要塞防守部隊。德軍統帥部專門為這次戰役設計了“德米揚斯克戰役紀念臂章”，“骷髏”師每名士兵都獲得了該紀念臂章。但是艾克在1943年2月26日的哈爾科夫戰役中陣亡，對該師的士氣產生了很大的影響。 “骷髏”師的末任師長、騎士十字勛章獲得者Hellmuth Becker，1945年他被移交給蘇聯後被叛服勞役25年，當他在監獄裏服刑時，有傳言說他準備了壹枚手榴彈要炸開圍墻逃跑，因此1952年5月28日他被蘇聯人絞死。
作戰歷史：
12.39 預備隊 OKH - 斯圖加特 1.40 - 5.40 預備隊 OKH - Alzey/Brilon 6.40 預備隊 - B 法國北部, 波爾多 7.40 - 8.40 14 2 C 波爾多 9.40 - 10.40 - 7 C 波爾多 11.40 - 12.40 31 7 D 波爾多 1.41 - 4.41 39 7 D Dax, Mont-de-Marsan 5.41 31 7 D Dax, Mont-de-Marsan 6.41 - 第4裝甲集群 北方 Kovno 7.41 56 第1裝甲集群 北方 Pleskau 8.41 28 16 北方 Luga, Waldai 9.41 56 16 北方 德米揚斯克 10.41 - 2.42 10 16 北方 德米揚斯克 3.42 - 9.42 2 16 北方 德米揚斯克 10.42* 10 16 北方 德米揚斯克 11.42 預備隊 - D 法國南部 12.42 預備隊 1 D Perpignan 1.43 - 2.43 預備隊 - D 法國南部 3.43 黨衛隊裝甲軍 第4裝甲集團軍 南方 哈爾科夫 4.43 羅斯裝甲軍Raus 肯普夫集群 南方 哈爾科夫 5.43 預備隊 肯普夫集群 南方 哈爾科夫 6.43 整編 - 南方 哈爾科夫 7.43 2SS 第4裝甲集團軍 南方 Bjelgorod 8.43 預備隊 6 南方 Stalino 9.43 47 8 南方 第聶伯Dnjepr 10.43 11 8 南方 第聶伯Dnjepr 11.43 - 12.43 52 第1裝甲集團軍 南方 Krivoi-Rog 1.44 57 6 南方 Krivoi-Rog 2.44 施密特Schmidt 8 南方 特斯切卡西Tscherkassy 3.44 40 8 南方 特斯切卡西Tscherkassy 4.44 7 8 南烏克蘭 Kishinev 5.44 67 8 南烏克蘭 烏曼Roman 6.44 預備隊 8 南烏克蘭 烏曼Roman 7.44 6 4 中央 Bialystok 8.44 - 11.44 4SS 9 中央 莫德林Modlin 12.44 4SS - 中央 莫德林Modlin 1.45 預備隊 - 南方 匈牙利 2.45 - 3.45 4SS 6 南方 匈牙利 4.45 2SS 6 南方 維恩Wien 5.45 2SS 6 奧斯馬克Ostmark 林茨Linz * 42年10月前已經有壹部分部隊移往法國南部。
名稱變更：
第1,2,3 武裝黨衛隊“骷髏”團 武裝黨衛隊“骷髏”師 武裝黨衛隊“骷髏”師戰鬥群 武裝黨衛隊“骷髏”裝甲擲彈兵師 第3武裝黨衛隊“骷髏”裝甲師
編制：
師部 武裝黨衛隊第5“Thule”裝甲擲彈兵團 武裝黨衛隊第6“Theoder Eicke”裝甲擲彈兵團 武裝黨衛隊第2骷髏步兵團(1942年秋天解散) 武裝黨衛隊第3裝甲團 武裝黨衛隊第3反坦克營 武裝黨衛隊第3坦克殲擊炮營 武裝黨衛隊第3裝甲炮兵團 武裝黨衛隊第3高炮營 武裝黨衛隊第3火箭炮營 武裝黨衛隊第3裝甲通信營 武裝黨衛隊第3裝甲偵察營 武裝黨衛隊第3裝甲工兵營 武裝黨衛隊第3師後勤部隊 武裝黨衛隊第3戰地救護隊等 武裝黨衛隊第3戰地記者排 武裝黨衛隊第3憲兵隊 武裝黨衛隊第3炊事營 武裝黨衛隊Heimwehr-Danzig(?) “丹麥”外籍部隊
歷任指揮官：
武裝黨衛隊上將 Theodor Eicke, 39年11月1日 - 41年7月7日 武裝黨衛隊上將 Matthias Kleinheisterkamp, 41年7月7日 - 41年7月18日 武裝黨衛隊上將 Georg Keppler, 41年7月18日 - 41年9月19日 武裝黨衛隊上將 Theodor Eicke, 41年9月19日 - 43年2月26日 武裝黨衛隊上將 Herman Priess, 43年2月26日 - 43年4月27日 武裝黨衛隊中將 Heinz Lammerding, 43年4月27日 - 43年5月15日 武裝黨衛隊中將 Max Simon, 43年5月15日 - 43年10月22日 武裝黨衛隊上將 Herman Priess, 43年10月22日 - 44年6月21日 武裝黨衛隊少將 Hellmuth Becker, 44年6月21日 - 45年5月8日