1056年（嘉祐元年），虛歲二十壹的蘇軾首次出川赴京，參加朝廷的科舉考試。翌年，他參加了禮部的考試，以壹篇《刑賞忠厚之至論》獲得主考官歐陽修的賞識，卻因歐陽修誤認為是自己的弟子曾鞏所作，為了避嫌，使他只得第二。
1061年（嘉祐六年），蘇軾應中制科考試，即通常所謂的“三年京察”，入第三等，為“百年第壹”，授大理評事、簽書鳳翔府判官。後逢其父於汴京病故，丁憂扶喪歸裏。1069年（熙寧二年）服滿還朝，仍授本職。他入朝為官之時，正是北宋開始出現政治危機的時候，繁榮的背後隱藏著危機，此時神宗即位，任用王安石支持變法。蘇軾的許多師友，包括當初賞識他的恩師歐陽修在內，因在新法的施行上與新任宰相王安石政見不合，被迫離京。朝野舊雨雕零，蘇軾眼中所見，已不是他二十歲時所見的 “平和世界”。
蘇軾因在返京的途中見到新法對普通老百姓的損害，又因其政治思想保守，很不同意參知政事王安石的做法，認為新法不能便民，便上書反對。這樣做的壹個結果，便是像他的那些被迫離京的師友壹樣，不容於朝廷。於是蘇軾自求外放，調任杭州通判。從此，蘇軾終其壹生都對王安石等變法派存有某種誤解。
蘇軾在杭州待了三年，任滿後，被調往密州（今山東諸城）、徐州、湖州等地，任知州。政績顯赫，深得民心。
這樣持續了大概十年，蘇軾遇到了生平第壹禍事。當時有人（李定等人）故意把他的詩句扭曲，以諷刺新法為名大做文章。1079年（元豐二年），蘇軾到任湖州還不到三個月，就因為作詩諷刺新法，網織“文字毀謗君相”的網羅罪名，被捕入獄，史稱“烏臺詩案”。
蘇軾坐牢103天，幾次瀕臨被砍頭的境地。幸虧北宋在太祖趙匡胤年間即定下不殺士大夫的國策，蘇軾才算躲過壹劫。
出獄以後，蘇軾被降職為黃州（今湖北黃岡市）團練副使（相當於現代民間的自衛隊副隊長）。這個職位相當低微，並無實權，而此時蘇軾經此壹役已變得心灰意冷，蘇軾到任後，心情郁悶，曾多次到黃州城外的赤鼻磯遊覽，寫下了《赤壁賦》《後赤壁賦》和《念奴嬌·赤壁懷古》等千古名作，以此來寄托他謫居時的思想感情。於公余便帶領家人開墾城東的壹塊坡地，種田幫補生計。“東坡居士”的別號便是他在這時起的。
宋神宗（1084年元豐七年），蘇軾離開黃州，奉詔赴汝州就任。由於長途跋涉，旅途勞頓，蘇軾的幼兒不幸夭折。汝州路途遙遠，且路費已盡，再加上喪子之痛，蘇軾便上書朝廷，請求暫時不去汝州，先到常州居住，後被批準。當他準備南返常州時，神宗駕崩。
年幼的哲宗即位，高太後聽政，以王安石為首新黨被打壓，司馬光重新被啟用為相 蘇軾。蘇軾復為朝奉郎知登州（今山東蓬萊）。四個月後，以禮部郎中被召還朝。在朝半月，升起居舍人，三個月後，升中書舍人，不久又升翰林學士知制誥（為皇帝起草詔書的秘書，三品），知禮部貢舉。
當蘇軾看到新興勢力拼命壓制王安石集團的人物及盡廢新法後，認為其與所謂“王黨”不過壹丘之貉，再次向皇帝提出諫議。
他對舊黨執政後，暴露出的腐敗現象進行了抨擊，由此，他又引起了保守勢力的極力反對，於是又遭誣告陷害。
蘇軾至此是既不能容於新黨，又不能見諒於舊黨，因而再度自求外調。他以龍圖閣學士的身份，再次到闊別了十六年的杭州當太守。蘇軾在杭州修了壹項重大的水利建設，疏浚西湖,用挖出的泥在西湖旁邊築了壹道堤壩，也就是著名的“蘇堤”。
蘇軾在杭州過得很愜意，自比唐代的白居易。但1091年（元祐六年），他又被召回朝。但不久又因為政見不合，外放潁州。 1093年（元祐八年）高太後去世，哲宗執政，新黨再度執政，第二年6月，別為寧遠軍節度副使，再次被貶至惠陽（今廣東惠州市）。，蘇軾又被再貶至更遠的儋州（昌化軍，今海南）。據說在宋朝，放逐海南是僅比滿門抄斬罪輕壹等的處罰。後徽宗即位，調廉州安置、舒州團練副使、永州安置。1101年（元符三年）大赦，復任朝奉郎，北歸途中，於1101年7月26日（建中靖國元年七月二十八日）卒於常州（今屬江蘇）。葬於汝州郟城縣（今河南郟縣），享年六十六歲，禦賜謚號文忠（公）