其中CE中的C代表袖珍（Compact）、消費（Consumer）、通信能力（Connectivit)和伴侶（Companion）；E代表電子產品（Electronics）。與Windows 95/98、Windows NT不同的是，Windows CE是所有源代碼全部由微軟自行開發的嵌入式新型操作系統，其操作界面雖來源於Windows 95/98，但Windows CE是基於WIN32 API重新開發、新型的信息設備的平臺。Windows CE具有模塊化、結構化和基於Win32應用程序接口和與處理器無關等特點。Windows CE不僅繼承了傳統的Windows圖形界面，並且在Windows CE平臺上可以使用Windows 95/98上的編程工具（如Visual Basic、Visual C++等）、使用同樣的函數、使用同樣的界面風格，使絕大多數的應用軟件只需簡單的修改和移植就可以在Windows CE平臺上繼續使用。Windows CE並非是專為單壹裝置設計的，所以微軟為旗下采用Windows CE作業系統的產品大致分為三條產品線，Pocket PC（掌上電腦）、Handheld PC（手持設備）及Auto PC。
WindowsCE版本主要有1.0、2.0、3.0、4.0、4.2、5.0 和6.0
WinCE1.0 :
WINCE1.0是壹種基於Windows95的操作系統，其實就是單色的Windows95簡化版本。90年代中期卡西歐推出第壹款采用WinCE1.0操作系統的蛤殼式PDA，算是第壹家推出真正稱得上手掌尺寸的掌上電腦廠商。作為第壹代的WinCE1.0於1996年問世，不過它最初的發展並不順利。當時Paim操作系統在PDA市場上非常成功，幾乎成為了整個PDA產品的代名詞，在這種情況下，微軟公司被迫為最初WinCE的不斷改進的同時，微軟公司也通過遊說、
技術支持、直接資助等手段聚集了大量合作廠商，使WinCE類的PDA陣容越來越強大。
WinCE2.0 ：
隨著Windows95的出現和Windows98的成功，另外壹個巨人-微軟站起來了，並迅速地在PC操作系統業界建立了微軟帝國。PDA市場的發展潛力被眾多分析家看好，嗅覺異常靈敏的“微軟”自然不會放過這樣壹個巨大的市場，在其操作系統帝國已經非常穩定的前提下，又開始了在PDA市場上的全力沖刺，用
WinCE2.0操作系統來打造與Palm非常類似的掌上產品。
WinCE2.0不僅比CE1.0快的多，而且的彩色顯示，又眾多新型PDA采用新的WinCE2.0系統，大有取代Pilot的趨勢，成為PDA操作系統新的標準。盡管CE2.0仍然要比Pilot的操作系統需要的空間要大的多，但它具有Windows的界面，會用PC的人小編估計沒有多少人不會使用微軟的操作系統。如果妳熟悉Windows95，在使用WindowsCE的時候就熟門熟路了，就不需要重新學習。而且，兩者技術上的相似性，第三方Windows應用軟件開發商們，就可以很容易地把自己的應用軟件轉換成可供CE運行的版本，因此，WindowsCE的可使用軟件的種類將會越來越多的。
WinCE3.0：
WinCE3.0是微軟的Windows Compact Edition，是壹個通用版本，並不針對掌上產品，標準PC、家電和工控設備上也可以安裝運行，但要做許多客戶化工作，當然也可以做掌上電腦。 微軟鼓勵大家在任何硬件平臺(WinCE3.0支持5系列CPU: x86, PowerPC, ARM ,MIPS,SH3/4) 上使用（為了和VxWorks,Linux等競爭），所以早期的WINCE運行在不同的硬件平臺上。WinCE3.0 Licence費用為$20 ，10 Licence起，批
量時大致能降到$15/Licence。
2000年微軟公司將WinCE3.0正式改名為Windows for Pocket PC，簡稱Pocket PC。就是把Pocket Word和Pocket Excel等壹些日常所需的辦公軟件的袖珍版裝了進去Pocket PC，同時在娛樂方面的性能做很大的加強。當然對於微軟的所有舉動，捧場的廠商自然也不會少，加入Pocket PC 陣營的現在就有HP、Compaq、Casio等壹些著名廠商。當Compaq的iPAQ 3630的誕生和在市場的熱銷，支持和加入Pocket PC陣營的廠商就越來越多。2002年智能手機商機再現，不少PPC廠商希望推出整合手機功能的PPC，於是在2002年8月，專門為手機優化過的微軟Pocket PC 2002 Phone Edition操作系統匆匆問世，2002年10月，國內第壹款PPC手機--多普達686上市了，隨後熊貓推出了CH860、聯想推出ET180
WinCE4.0：
WinCE.Net（即WinCE 4.0）是微軟於2002年1月份推出的首個以.Net為名的操作系統，從名字上我們就可以知道它是微軟的.net的壹部分。WinCE.Net是WinCE3.0的升級，同時還加入.Net Framework精簡版，支持藍牙和.Net應用程序開發。
WinCE4.2 ：
WindowsCE.NET 4.2是WindowsCE.NET 4.0/4.1的升級版，對Windows CE先前版本的強大功能進行了進壹步的擴充和豐富，基於其開發的設備將從這些微小但重要的變化中獲得更好的性能和更強的Windows集成功能。微軟在WinCE4.2版時曾提供開放源代碼，不過只針對研究單位，而程序代碼較少，為200萬行。
WinCE5.0:
WinCE5.0在2004年5月份推出，微軟宣布WinCE5.0擴大開放程序源代碼。在這個開放源代碼計劃授權下，微軟開放250萬行源代碼程序作為評估套件（evaluationkit）。凡是個人、廠商都可以下載這些源代碼加以修改使用，未來廠商OEM時，則再依執行時期(Run-time)授權，支付Win CE5.0核心每臺機器3美元的授權費用，這也是微軟第壹個提供商業用途衍生授權的操作系統。
Windows CE 6.0：
2006年11月，微軟公司其最新的嵌入式平臺Windows Embedded CE 6.0正式上市。作為業內領先的軟件工具，Windows Embedded CE 6.0將為多種設備構建實時操作系統，例如：互聯網協議（IP）機頂盒、全球定位系統（GPS）、無線投影儀，以及各種工業自動化、消費電子以及醫療設備等。
在Windows Embedded誕生十周年之際，微軟將首次在“***享源計劃（Microsoft? Shared Source programme）”中100%毫無保留地開放Windows Embedded CE 6.0內核，（GUI圖形用戶界面不開放）比Windows Embedded CE的先前版本的開放比例整體高出56%。“***享源計劃”為設備制造商提供了全面的源代碼訪問，以進行修改和重新發布（根據許可協議條款），而且不需要與微軟或其他方***享他們最終的設計成果。盡管Windows操作系統是壹個通用型計算機平臺，為實現統壹的體驗而設計，設備制造商可以使用Windows Embedded CE 6.0這個工具包為不同的非桌面設備構建定制化的操作系統映像。通過獲得Windows Embedded CE源代碼的某些部分，比如：文件系統、設備驅動程序和其他核心組件，嵌入式開發者可以選擇他們所需的源代碼，然後編譯並構建自己的代碼和獨特的操作系統，迅速將他們的設備推向市場。
微軟還將Visual Studio 2005專業版作為Windows Embedded CE 6.0的壹部分壹並推出。這對微軟來說又是壹次史無前例的突破。Visual Studio 2005專業版將包括壹個被稱為Platform Builder的功能強大的插件，它是壹個專門為嵌入式平臺提供的“集成開發環境”。這個集成開發環境使得整個開發鏈融為壹體，並提供了壹個從設備到應用都易於使用的工具，極大地加速了設備開發的上市。
Windows Embedded CE 6.0重新設計的內核具有32,000個處理器的並發處理能力，每個處理有2GB虛擬內存尋址空間，同時還能保持系統的實時響應。這使得開發人員可以將大量強大的應用程序融入到更智能化、更復雜的設備中。無論在路上、在工作還是在家裏，都可以使用這種設備。
在路上： Windows Embedded CE 6.0加入了新的單元核心數據和語音組件，這使得設備能夠通過蜂窩通訊網絡建立數據連接和語音通話，從而實現機器對機器的通訊應用場景，並構建相應的設備，如停車表、自動售貨機和GPS設備等。
在工作上： Windows Embedded CE 6.0包含的組件更便於開發者創建通過Windows Vista內置功能無線連接到遠程桌面***享體驗的投影儀。
在家中： Windows Embedded CE 6.0充分利用了多媒體技術，以開發網絡媒體設備、數字視頻錄像機和IP機頂盒等。
最新功能
目前最新的Windows CE為Windows CE 6.0，這個版本在內核部分有很大的進步：
所有系統元件都由EXE改為DLL，並移到 kernel space.
全新設計的虛擬內存架構
全新的設備驅動程序架構，同時支持 User Mode 與 Kernel Mode 兩種驅動程序。突破只能運行 32 個工作元（process）的限制，可以運行 32768 個工作元。每壹工作元的的虛擬內存限制由32 M 增加到全系統總虛擬內存。Platform Builder IDE 集成到 Microsoft Visual Studio 2005。新的安全架構，確保只有被信任的軟件可以在系統中運行。UDF 2.5 文件系統。支持 802.11i (WPA2)及 802.11e (QoS) 等無線規格，及多重 radio support.
支持 x86, ARM, SH4, MIPS 等各種處理器。提供新的 Cellcore components 使系統在移動電話網絡中更容易創建數據鏈接及激活通話。[1][2]在開發環境上，微軟也提供兼容於.NET Framework的開發元件：.NET Compact Framework，讓正在學習.NET或已擁有.NET程序開發技術的開發人員能迅速而順利的在搭載Windows CE .NET系統的設備上開發應用程序。
用於掌上電腦Pocket PC以及智能手機Smart Phone上的Windows CE系統稱為Windows Mobile，目前成熟的最新版本為Windows Mobile 6.5。