學院成立於2005年，由海航集團投資興辦，在海南省委省政府和教育廳的領導下，學院秉承“立德明誌、篤學創新”的校訓，發揚“至誠至善、至精至美、敬業樂群、追求卓越”的大學精神，依托海航、立足三亞、服務海南、圍繞行業、面向全國、走向世界，走出了壹條服務區域經濟社會發展和民航、旅遊、航海業等現代服務業發展的特色之路。
每年定期舉辦“畢業生就業推薦會”及海航集團專場招聘會、各用人單位專場招聘會等，邀請數百家用人單位來院與學生直接面談，雙向選擇，簽訂就業協議。隨著學院快速發展，辦學實力不斷增強，行業優勢突顯，辦學特色鮮明，人才培養工作“適銷對路”，校企合作單位越來越多，畢業生就業保持著良好的態勢，就業率與就業質量穩中有升，得到了社會及廣大學生家長的好評。
2010年1月，時任國務委員劉延東來學院視察指導工作。
2010年12月，學院順利通過教育部專家組的人才培養工作評估。
2011年5月，學院空中乘務專業被評為海南省級特色專業建設點。
2011年12月，時任全國人大副委員長李建國來學院視察指導工作。
2012年2月9日，中國教育報頭版頭條刊登了《這裏的畢業生何以受企業青睞——三亞航空旅遊職院貼近行業企業培養技能型人才紀實》的長篇報道，對學院遵循教育改革理念、創新辦學體制機制、提高人才培養質量等工作進行了詳細報道。
2012年4月，學院參加全國高職高專校長聯席會議，作為在專業建設中全面開展校企合作的典範，被教育部和大會組委會遴選為四所主旨發言院校之壹。
2012年4月，學院順利通過了國家海事局船員教育和培訓資質核驗及質量體系審核，成為海南省第壹家取得中華人民***和國交通運輸部海事局頒發的全球航線無限航區海船船員教育與培訓資質的高等學府。
2012年4月，學院獲得海南省單獨招生資質。
2012年6月，學院成立了“海航集團—三亞航空旅遊職業學院”***建工作組，協調、促進海航集團各成員公司與學院建立校企合作的新機制。
2012年7月，學院獲得國家級空中乘務專業師資培訓資質。
2012年9月，學院在國家核心期刊《中國職業技術教育》發表了《大型企業辦學的體制改革與機制創新研究》。