代發工資和代理付款的區別就在於發放工資的主體不同。
工資是由雇主和法定用人單位通過其賬戶直接發放工資給員工，而代發工資是雇主和法定用人單位委托銀行，由銀行統壹向員工發放工資。使用代發工資業務的法定用人單位壹般都會讓用戶辦理壹張對應銀行的銀行卡，因為只有這樣才能實施統壹的管理，快速實現工資的發放。
代發工資，是金融機構為機關企事業單位員工代發勞動報酬等款項的壹項金融中間業務。 金融機構通過自身聯網的核心業務處理系統進行批量、集中支付，將有關工資等款項自動轉入儲戶預先約定的銀行卡或個人結算賬戶上，代理企、事業單位發放工資，還可代理社會保險局發放社會福利保險金等。網上代發工資主要是通過工行企業網上銀行貴賓室企業財務室或付款業務企業財務室功能，實現公司向個人的資金劃轉。適用於有代發工資、代報銷或向個人賬戶劃轉各類費用需求，且在工行開立基本存款賬戶或經當地人行批準可用於支取現金的其他賬戶的企業客戶。
代理付款是專業機構為機關企事業單位、公司員工代發代理等款項的壹項金融中間業務。代理付款不壹定是發工資 代理付款是受委托人的委托，代委托人支付票據款。目前的代理付款人壹般都是銀行。
比如說存入銀行準備發工資的那部分委托辦理的工資款項，雖未發放但是屬於代理付款工資。
法律依據：
《中華人民***和國勞動合同法》
第三十條 用人單位應當按照勞動合同約定和國家規定，向勞動者及時足額支付勞動報酬。
用人單位拖欠或者未足額支付勞動報酬的，勞動者可以依法向當地人民法院申請支付令，人民法院應當依法發出支付令。